一、发行主体不同。
1、政府证券通常指由中央政府或地方政府发行的债券
2、政府机构债券是由经批准的政府机构发行的证券
二、筹资来源不同
1、政府债券是政府为筹集资金而向出资者出具并承诺在一定时期支付利息和偿还本金的债务凭证,具体包括国家债券即中央政府债券、地方政府债券和政府担保债券等
2、政府机构债券是指由政府所属机构、公共团体或与政府有直接关系的企业发行的债券，筹集资金主要用于发展各机构或公营公司的事业。
三、特点不同
1、政府债券
（1）安全性高。政府债券是政府发行的债券，由政府承担还本付息的责任 ，是国家信用的体现。在各类债券中，政府债券的信用等级是最高的，通常被称为金边债券。
（2）流通性强。政府债券是一国政府的债券，它的发行量一般都非常大，同时，由于政府债券的信用好，竞争力强，市场属性好，所以，许多国家政府债券的二级市场十分发达，一般不仅允许在证券交易所上市交易，还允许在场外市场进行买卖。
（3）收益稳定。投资者购买政府债券可以得到一定的利息。政府债券的付息由政府保证，其信用度最高，风险最小，对于投资者来说，投资政府债券的收益是比较稳定的。
（4）免税待遇。政府债券是政府自己的债券，为了鼓励人们投资政府债券，大多数国家规定，对于购买政府债券所获得的收益，可以享受免税待遇。
2、政府机构债券通常以中长期债券为主，流动性不如国库券，但它的收益率比较高。政府机构债券虽然不是政府的直接债务，但通常也受到政府担保，因此债券信誉比较高，风险比较低。政府机构债券通常要交纳中央所得税，不用缴纳地方政府所得税，税后收益率比较高。
参考资料来源：百度百科——政府债券
参考资料来源：百度百科——政府机构债券
政府债券与政府机构债券的区别如下：
1、优点不同
政府债券是政府发行的债券，由政府承担还本付息的责任 ，是国家信用的体现。在各类债券中，政府债券的信用等级是最高的，通常被称为金边债券。投资者购买政府债券，是一种较安全的投资选择。
而政府机构债券它的发行量一般都非常大，同时，由于政府债券的信用好，竞争力强，市场属性好，所以，许多国家政府债券的二级市场十分发达，一般不仅允许在证券交易所上市交易，还允许在场外市场进行买卖。发达的二级市场为政府债券的转让提供了方便，使其流通性大大增强。
2、性质不同
政府债券也是一种有价证券，它具有债券的一般性质。政府债券本身有面额，投资者投资于政府债券可以取得利息，因此，政府债券具备了债券的一般特征。
而政府机构债券最初仅是政府弥补赤字的手段，但在现代商品经济条件下，政府债券已成为政府筹集资金、扩大公共开支的重要手段，并且随着金融市场的发展，逐渐具备了金融商品和信用工具的职能，成为国家实施宏观经济政策、进行宏观调控的工具。
3、用处不同
地方政府债券一般用于交通、通讯、住宅、教育、医院和污水处理系统等地方性公共设施的建设。
而政府机构债券所筹资金主要用于建设收费公路、收费大学生宿舍、收费运输系统和灌溉系统等。
参考资料来源：百度百科-政府债券
本回答被网友采纳政府证券通常指由中央政府或地方政府发行的债券，政府机构债券是由经批准的政府机构发行的证券，发行主体有所不同。
政府债券的发行主体是政府，它是指政府财政部门或其他代理机构为筹集资金，以政府名义发行的债券，主要包括国库券和公债两大类。
一般国库券是由财政部发行，用以弥补财政收支不平衡;公债是指为筹集建设资金而发行的一种债券。有时也将两者统称为公债。中央政府发行的称中央政府债券(国家公债)，地方政府发行的称地方政府债券(地方公债)。
政府机构债券是指除中央政府以外，其他政府部门和有关机构发行的借款凭证。
政府机构债券通常以中长期债券为主，流动性不如国库券，但它的收益率比较高。政府机构债券虽然不是政府的直接债务，但通常也受到政府担保，因此债券信誉比较高，风险比较低。政府机构债券通常要交纳中央所得税，不用缴纳地方政府所得税，税后收益率比较高。
参考资料：证券市场基础知识，p2
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