太仓市体育局作为市政府工作部门，根据苏州市委、市政府的机构改革方案，继续保持正科级建制。局内设有三个主要职能科室，它们分别是:
1. 办公室
负责体育发展战略和政策研究，以及体育事业发展规划的拟定，协助局领导处理政务工作和机关日常事务。
负责机关文电、档案、保密等工作，以及政务公开、督查督办、综合协调和新闻宣传等职责。
承担全市性体育会议和大型活动的组织协调，管理机构编制、干部人事等事务，并负责综合治理、安全保卫等工作。
负责体育经费管理和财务工作，以及国有资产的统计、检查和年检。
负责太仓体育网站和办公自动化，以及接待和后勤服务工作，参与公共体育设施规划。
2. 业务科
负责青少年业余训练的方针规划，指导运动项目的设置和布局，推行全民健身运动。
研究业余体育训练工作和体校训练，完善业余训练网络，协助教育部门推动学校体育，负责运动员选拔和竞赛指导协调。
组织群众体育活动，制定发展规划，培训社会体育指导员，进行国民体质监测。
3. 产业管理科
负责体育产业发展规划和统计，研究体育市场状况，依法指导和管理体育市场，包括高危项目审批。
监督体育彩票发行，管理赛事市场化和产业化运作，广告资源开发和票务事务。