泰州市商务局设有多个内设机构，具体如下：
(一) 办公室（人事处）：负责文秘、机要、档案、新闻宣传等工作，承担出国（境）人员政审，组织商务信息化和电子商务指导，负责机构编制和人事管理等。
(二) 综合处（进出口公平贸易处、行政许可服务处）：研究经济趋势，制定商务发展战略，分析商务运行情况并提出政策建议，负责进出口公平贸易工作，以及应对国际贸易争端事务。
(三) 对外贸易处：拟订进出口政策，推进市场多元化，负责货物进出口统计和运行分析，以及服务贸易的规划和管理。
(四) 外国投资管理处：制定外商投资政策，审核外商投资企业设立和变更事项，监督外商投资执行情况。
(五) 对外投资和经济合作处：管理对外投资、承包工程和劳务合作，负责境外就业权益保护，审核和报批境外投资企业。
(六) 机电和科技产业处（市机电产品进出口办公室、市科技兴贸创新基地办公室）：拟订机电产品进出口政策，推动科技兴贸创新。
(七) 开发区处：指导全市开发区建设，负责国家级、省级开发区设立审核和规划编制。
(八) 投资促进处：研究投资环境改善政策，指导对外招商引资工作，编制投资促进工作计划。
(九) 市场建设与秩序处：研究市场体系规范，负责市场运行分析，以及市场监管和秩序整顿。
(十) 市场运行与商贸服务处：监测市场运行，负责生活必需品储备管理和商贸服务业行业管理。
(十一) 财务处：负责财务预算编制，资金管理和审计工作。
此外，局内设有纪检监察机构，各处室由相应的负责人领导，如沈志敏、李子昌、姜志新等。