教育部为了强化对重点实验室的管理，确保评估工作的规范化，依据《高等学校重点实验室建设和管理暂行办法》，特此制定了第一章——总则。
评估是实验室管理的关键步骤，其目标在于总结经验，发现潜在问题，完善制度，创新工作方式，通过评估推动实验室的建设和发展，并为管理部门的决策提供有力依据。
评估工作始终坚持“公开、公平、公正”的原则，以及“依靠专家、倡导民主、实事求是、公正合理”的方针，确保评估过程的公正透明。
在评估方法上，力求简化高效，主要关注实验室的整体运营状况，采用定性评估与定量评估相结合的方式，其中定性评估占据主导地位。评估的主要指标包括研究水平与贡献、队伍建设与人才培养、开放交流与运行管理（具体的评估指标体系见附1）。
所有通过验收并已正式运行超过两年的实验室，原则上需每五年进行一次评估。对于验收通过但运行不满两年的实验室，他们可以选择自愿申请并参与评估。每年，评估会集中于一到两个学科领域。
实验室的评估工作由教育部科技司负责组织与执行，确保评估工作的有序进行。
2007年5月18日，教育部印发《教育部重点实验室评估规则》，旨在规范和加强高等学校教育部重点实验室的建设与管理，提升实验室整体水平，有效地推动高等学校重点实验室的建设与发展。《规则》含7章32条，另有两个附录，详细规定了开展教育部重点实验室评估的目的、职责、程序、现场评估及评估结果等重要内容，是开展教育部重点实验室评估的基本依据。