根据上述职责，市水务局设13个内设机构：
（一）办公室
负责机关文电、会务、机要、档案等政务工作；承担重要文稿的起草、信息、信访、安全保密、局政务信息公开以及建议、提案办理工作；承担重要事项的组织和督查工作；负责局机关综合协调、日常管理、服务保障工作；承担水务行政审批和行政许可的集中受理。负责水务信息化建设与管理工作。
（二）规划计划处
组织编制全市水务中长期发展规划和年度计划草案并监督实施；审核市规划内和年度计划规模内涉水固定资产投资项目，负责组织水务项目规划前期工作；参 与水价管理与改革；承担水务综合统计工作；指导区、县（市）水务综合性规划工作；指导、管理全市水务经济工作；负责水务行业的经济调节工作。
（三）建设管理处
承担全市水务工程建设管理责任；拟订水务工程建设管理的政策、规程、规范、标准草案并监督实施；指导全市水务工程建设；监督管理水务建设市场；指导全市水务工程质量监督工作；组织水利基建项目初步设计文件审批；负责对水务工程招标投标工作进行行政监督和管理；依法承担水务工程建设管理的行政许可工作；组织水务重大项目的立项技术审查和验收评估；参与水利血防工作。
（四）水资源管理处
承担城乡水资源供需平衡、环境用水和水能资源管理责任；负责节约用水工作；拟订全市计划用水发展规划和年度计划、水量分配调度方案草案并组织实施；负责水功能区划分和核定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；指导全市水域水质监测工作并监测辖区内水域的水量、水质；监督水源保护；核发取水许可证；负责矿泉水、地热水行政管理；负责组织全市水环境治理规划的编制和监督实施，定期发布水资源公报；协调水文工作。
（五）供水管理处
承担全市城市供水行业管理、行业特许经营管理责任，负责农村居民用水、农村饮水安全工程、村镇供水工作；参与全市城乡供水价格核算的论证；按权限对城市公共供水企业（含自建设施对外供水企业）进行资质审查；负责对进入城市供水系统（含二次供水设施）涉及饮用水卫生安全的监督管理；协调城市建设中的供水管网管线及制水厂的改、扩、建工作；指导、监督全市城乡供水行业的服务质量与安全生产工作；会同相关部门开展水价调整工作。
（六）水污染治理处
承担全市城乡排水、污水处理、再生水和中水利用的行业管理责任；编制全市城乡排水、污水处理、再生水和中水利用发展规划及年度计划；参与编制排水管网的建设规划工作；审核湖库、河道排污口的设置、改建和扩建；审批全市城市排水许可证；监督管理公共排水、污水处理、再生水和中水利用设施的维护和安全运行；指导排水行业水质检测工作；指导污水处理费的征收管理工作。
（七）水利水电管理处（水土保持处）
负责编制全市农田水利建设发展规划和年度计划草案并组织实施；组织、指导、协调灌溉用水、农田水利设施管理、农业节水工作；负责基层水利工管单位的监督管理；负责水利工程的运行管理；协同有关部门指导地方水电站、涉水电网管理等工作；贯彻实施全市水土保持法律法规；承担全市水土流失综合防治；组织编制全市水土保持规划草案并监督实施；承担全市水土流失监测及管理责任；负责市级开发建设项目水土保持方案审批及设施竣工验收；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施；负责水土保持补偿费的征收工作。
（八）信息管理处
指导全市水务信息化和水务信息资源管理工作，组织编制全市水务信息化和水务信息资源管理规划、技术标准，并监督执行；负责全市水务信息化系统的建设和运行维护，开展信息化成果的交流、推广和信息技术培训；负责水务信息资源的整合、分析和水务信息服务，负责发布和公开水务信息；负责水务局门户网站的的管理。
（九）河道堤防（采砂）管理处
负责河道工程建设项目的评估、审查、报批；负责采砂许可证的核发及河道采砂管理费的征收；负责牵头组织全市水域范围内的砂石资源等的开发、利用、保护；组织指导全市水务工程的确权划界；参与全市河道管理范围内建设项目的评估、审查、报批及河道行政许可工作；组织指导河流、水库、湖泊、滩涂的治理和开发；负责堤防工程管理，承担市辖区防洪大堤堤顶和戗台兼作公路审批工作；承担全市河道、湖泊（含城市水体、人工水道、行洪区、蓄洪区、滞洪区）的管理责任；组织指导水域及其岸线的管理和保护。
（十）总工室
负责局系统的技术管理工作；组织重要工程项目的方案及复杂技术问题的审查及专家咨询；参与工程事故的分析、鉴定和处理；负责本市水务系统科学技术工作；组织重大水务科学研究、技术引进与推广工作；指导全局系统技术资料与业务档案整理工作，负责各类技术审批文件的复核工作；指导和参与全市水务规划研究工作
（十一）法规安监处（应急管理办公室）
组织起草本市水务地方性法规和政府规章草案；承担对本部门制订的规范性文件合法性审核；拟订全市水务工作政策和法制建设规划草案；负责本部门行政执法人员的管理、监督、考核和证件管理；负责本部门行政执法工作；负责局系统的普法工作；承担水务行业安全生产工作和水务工程的安全监管，组织或参与重大水务安全事故的调查处理；承担市水务局应急管理办公室的日常工作。
（十二）财务审计处
负责编制局系统资金收支计划和局机关部门预算，组织、指导局属单位部门预算编制工作；管理各项水务专项资金；负责经费支出、会计核算、财务管理、国有资产监督管理工作，指导局属单位的财务管理和国有资产监督管理工作；承担局机关并指导所属单位的审计工作；配合有关部门开展专项审计和稽察工作；承担市水务行业相关规费的使用、管理责任。
（十三）人事教育处
负责局机关并指导局直属单位的机构编制、人事管理、教育培训、队伍建设、宣传、党群、统战、精神文明建设等工作；牵头组织协调绩效考核工作；负责水务行业协会、学会管理工作；负责水务系统职业教育和技术培训以及专业技术职务评定工作；承担对外科技交流与合作工作；指导水务行业知识产权保护工作。
（十四）机关党委
负责局机关党群工作和离退休人员管理工作。
（十五）纪检监察室
协助局党委抓好党风廉政建设和反腐败工作；负责行使上级纪检部门规定的各项职能；负责全市水务系统反腐败工作，组织开展反腐倡廉的学习、教育活动；制定反腐倡廉各项措施；负责招投标、工程建设、水务建设资金及重大事项的监督；
（十六）团委
1、负责起草团组织的各项制度和规定，监督基层组织执行；
2、负责团的基层组织、团干部及广大团员情况的统计；
3、负责团员发展、团证的颁发、注册、补办；
4、负责团的组织关系转接和团籍管理、团费收缴工作；
5、负责组织团校、团干部上岗培训、挂职锻炼、理论研讨会等培训工作；
6、负责组织评优工作，包括分团委工作评估、团支部工作等级评估、优秀学生干部的评选等；
7、负责先进集体和先进个人的材料整理，并及时向上级报告；
8、了解并抓好基层的组织工作；
9、开展推优工作，指导下级团组织协助同级党组织做好积极分子工作；
10、审查入党积极分子材料，推荐优秀团员作为党的发展对象；
11、完成领导交办的其他工作。
