关于卵菌的系统进化来源,很长时间内存在着不同的观点。由于卵菌呈丝状生长,因此人们通常错误地将其视为真菌。根据生化分析和核糖体RNA 序列及线粒体基因序列建立的系统发育树分析表明卵菌与真正的真菌(true fungi) 亲源关系较远,是完全不同于丝状真菌的真核植物病原生物,而与原生生物界的金褐藻和不等鞭毛藻( heterokont algae) 亲缘关系更近,是一个具有种的多样性群体,包括侵染动植物的病原菌和一些腐生菌(如水霉) 。最近根据线粒体基因编码蛋白和4 个保守细胞核基因编码蛋白的氨基酸序列建立的系统发育树亦支持上述结论。可见,卵菌进化成能侵染植物而与其它植物病原真菌不同的群体可能有自己特殊的机制。对于卵菌属内不同群体的进化关系,Cooke 等.
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