在德国军队内部，对1943年德国地中海战略问题存在两种不同意见。以隆美尔为首的一派认为，意大利人毫无价值，同盟国一旦采取进一步行动，德军应该放弃撒丁岛、西西里岛、希腊大部，以及比萨—里米尼一线以南的所有意大利领土，将节省下来的兵力投入到苏联战场。德军南线总司令凯瑟林元帅则持反对意见。他不愿将这一带的空军基地拱手让与盟军，因为这样一来，德国的工业区和罗马尼亚油田都将暴露于空中打击之下。他相信，意大利人将会为保卫祖国而战；只要有少量的德国部队及装备相助，意大利人就能御敌于国门之外。
希特勒倾向于凯瑟林的意见，决心不放弃巴尔干领土。他下令向巴尔干再派驻6个师，从而使那里的驻军总数达到13个师。他在撒丁岛重新组建了第90师，在西西里重组了第15装甲师，并向意大利南部派遣了“赫尔曼·戈林”装甲师和第16装甲师。为防范意大利投降，希特勒命令制定一项计划，必要时解除意大利军队武装，并占领意大利北部的比萨—里米尼一线。
驻守西西里岛的轴心国部队为意大利第6集团军，司令是意大利A·古佐尼将军，辖8个海岸师、4个意大利机械化师和2个德国装甲师。同时，“赫尔曼·戈林”师于6月抵西西里，总兵力达27万人，包括战役开始后增援的2个德国师。可用于空中支援的飞机约600架。实际上，德军派驻第6集团军的联络官森格尔·翁德·埃特林中将控制着德国师和古佐尼。此外，赫尔曼·戈林也经常直接给他的师下达命令。
意大利海岸师装备落后，士气低下，轴心国统帅部不指望他们能抵御盟军的登陆。关键是那6个机动师的部署。凯瑟林认为，在盟军登陆部队建立登陆场之际，当地的后备队就应将其消灭在水线附近。森格尔·翁德·埃特林则认为守军在确定盟军的主攻方向后，同意大利后备队一道从中央阵地发起反攻，将其歼灭。为此，埃特林命令，机动师沿直径240公里的西西里岛分散布防，盟军一登陆即对其发起反攻。
盟军佯装对特拉帕尼进攻的欺骗计划，促使轴心国进一步分散兵力，将第15装甲榴弹师调往该岛西端。担任西部防御的还有2个意大利机动师，另2个意大利机动师同“赫尔曼·戈林”师一道防守该岛东部。在7月10日那天，德军在该岛的兵力只有约2.3万人，至战役结束前，德军投入西西里防御的总兵力达到6万人。