从前述地下水污染特征即隐蔽性、长期性和难恢复性可以看出，地下水一旦遭受污染就很难对其进行恢复治理。因此，关于地下水污染的防治问题，重点在于“防”，把防止地下水污染的各项工作摆在首位，切忌先污染后治理，这是应对地下水污染问题的首要原则。
由于地下水污染具有隐蔽性的特征，因此要防治地下水污染，首先要及时准确地掌握地下水水质基本状况和发展变化趋势。这就需要建立完善的地下水监测体系，长期进行监测和地下水环境质量评价，从而能够及早发现地下水水质恶化的趋势。其次，对于区域地下水污染问题，目前尚没有很好的治理技术，即使有一些治理技术产生，往往也在经济上难以承受和实现。因此针对这种问题，可以采用的办法主要是通过合理的规划和管理，减少污染物向地下水环境的释放，防止地下水水质进一步恶化，从而依靠地下水系统的自净能力逐步恢复。最后，对于已经遭受污染的局部污染场地，应在场地信息调查的基础上开展风险评价，评价其对人体健康和生态环境所产生的风险，在此基础上，选择相应的、行之有效的治理技术进行恢复治理或者采取风险管理措施。