合作社的农产品运输，可享受“绿色通道”，不收过路费。合作社在购买农业机械设备时，可享受各种机械设备直补金额。合作社享受某一些农产品的直补金。
农业合作社优惠政策
1、合作社销售成员的产品视同农户自产自销;
2、增值税一般纳税人从合作社购买产品可以按照13%进行进项税抵扣;
3、每年国家都会下拨一部分资金对合作业进行帮扶，这些钱是不用还的;
4、国家可以根据你合作社的性质、特点、规模等支持一部分无息贷款，一般情况可以使用3年，无息贷款使用时是先垫付贷款利息，然后凭还款票据再到财政局报帐。
5、合作社向成员提供农资免征增值税;
6、合作社与成员签定的产品销售合同，免征印花税;
7、提供优质金融服务。将开展农民专业合作社的信用等级评定，对于在工商行政部门登记的农民专业合作社，在各种贴息贷款项目和小额贷款上给予倾斜。
8、提升农民专业合作社经营能力。鼓励有一定生产经营规模和出口实力的农民专业合作社，向当地市外经贸行政部门申请办理对外贸易经营者备案登记，积极拓展国外市场。
9、适当加大资金扶持力度。将支持农民专业合作社开展信息、培训、农产品质量标准与认证、农业生产基础设施建设、农村现代流通网络建设、市场营销和技术推广等服务。
10、对农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、畜牧、水生动物配种和疾病项目防治的收入，免征营业税。
11、合作社成了当地龙头企业后，由当地地税局批准，可减免水利建设专项资金。
12、可优先安排用地指标。
13、对于合作社在生产过程中产生的生产用电给予相当程度的优惠。
14、农技人员、大中专毕业生在合社工作，工资、待遇、评职称、工龄等与在岗农技人员一样计算，同时可以参加社保、医保。
15、可免收企业所得税、营业税、城建税、教育附加、地方教育附加、房产税、城镇土地使用税等。
16、免收残疾人就业保障金。