主要还是因为瓦岗寨自己内部发生了内战，翟让与李密之间的争斗使得寨内整体实力出现大幅度下滑，结果被在一旁早已虎视眈眈的隋朝军队趁机猛攻。最终，自知争夺天下无望的李密带着已经快要面临解散的瓦岗寨军转头投奔了李渊门下，成为后来唐朝的编制军。
瓦岗寨的创始人翟让最开始只是当地衙门里一名普通的官差，因为做事过于公正耿直不小心得罪了自己的上司，后被其设计关入大牢。在即将面临斩首刑罚之际，与他一同当差的官员因看不下去他如此含冤受死，于是在行刑的前一晚将翟让偷偷放出了大牢。
之后，逃出生天的翟让在经历了官场中的黑暗后，对整个隋朝体制乃至各部官员都充满失望和怨怼。为了改变国家的现状，他开始在当地召集起许多往日被隋朝政府欺压迫害的普通平民，随后带领这些人揭竿起义，创立了瓦岗寨。
在翟让召集到的这群人中，有一位真正懂谋略布阵的智者，名李密。瓦岗军在李密的用心带领下，顺利将隋朝的东郡和荥阳两座城池收入囊中，随后势如破竹，又一举攻破隋朝大将张须陀镇守的南安城，将隋朝大军压制得进退不得。
经过多番征战，获取胜利后，瓦岗寨的实力由当初的小几十人发展到后来的几千人大军队。而李密则凭借作战时的出色指挥调控能力，在瓦岗寨中声望地位得到显著提升，甚至隐隐有超越统治者翟让的趋势。
时间一长，瓦岗寨中渐渐分成了两股站队，一股是站在创始人翟让一方的老农民起义军，而另一股则是更注重瓦岗寨实力和未来发展从而选择站在李密一方的新锐部队。新旧首领之分的争夺，使得瓦岗寨内部逐渐产生动荡，而此时正与瓦岗军斗得难舍难分的隋军见状更是加大力度猛攻。最终，内外受敌的瓦岗军因不堪重负遭受到重创打击，从此之后开始走向了衰败的道路。
翟让来到了东郡附近的一个叫瓦岗寨的地方。他召集了很多贫苦的农民，并组成了一支队伍，当地许多青年人听说了这件事后都来投奔他。这其中不乏真正的英才。有一个17岁的少年，名叫徐世绩，此人不仅武艺高强而且文韬武略样样精通，心中很有计谋。后来翟让听从了徐世绩的意见，带领那一支农民组成的军队，到荥阳一带，攻打官府和许多有钱的富商，打劫这些人让翟让的队伍有了更多的资金，粮食储备也更多了。
有一天来了一个叫李密的人，他劝说翟让，当年刘邦和项羽出身也并不好，您现在就像他们一样，兵精将广，现在实力十分强大。再加上我们现在的皇帝昏庸无能，对百姓十分苛刻，即使民怨沸腾，国家很不安定。况且现在皇帝的军队大多驻扎在辽东，您现在如果想要拿下东郡和长安，就像探囊取物一样，肯定能够马到成功。后来经过和张须陀的战争，李密在瓦岗寨中的地位显著提高，声望也树立了起来。
李密不光很有才华，而且在生活上也很简朴，对待每一个瓦岗寨的士兵都非常照顾。时间长了以后，瓦岗寨的士兵们都非常倾向于李密。加上自己也觉得自己的才能比不上李密，就主动把瓦岗寨首领的位置交给了他，李密就这样成为了瓦岗寨起义军的领袖。
就在瓦岗寨蒸蒸日上越来越壮大的时候，瓦岗寨内部却发生了矛盾。翟让主动把首领的位置让给李密之后，跟随翟让的许多将领对这件事很不满意。有人就劝说翟让，要他把首领的位子夺回来。翟让对这种话只是笑一笑就掩饰过去了。但当这些话传到李密耳朵里时，李密心中起了疑惑，跟随李密的人也劝李密把翟让尽快除掉，斩草除根。
李密为了使自己的地位不会撼动，最终对翟让起了杀心。有一天李密假装请翟让喝酒，在宴会的时候李密想办法把翟让的士兵支开。假装拿出一把很好的弓箭给翟让，让他试一下这把弓的威力，翟让刚一拉开弓，李密就让埋伏在旁边的刀斧手除掉了翟让。当李密处心积虑的杀掉翟让之后瓦岗寨士兵感到心情非常悲伤，亲如手足的兄弟，竟然也会下杀手，瓦岗寨从此便开始走下坡路，渐渐衰落。