医院设有22个临床专科，包括重症医学科、新生儿科、肾脏科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、内分泌科、普外科、胸心外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、眼科、中医科、口腔科、康复科等 。
医院也是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市新生儿筛查中心、上海市儿童康复中心所在地。在儿童呼吸道重症感染、哮喘、肾病综合征、先天性心脏病、川崎病、性早熟、癫痫、新生儿缺氧缺血性脑病、学习困难；先天性泌尿畸形、消化畸形、骨骼畸形、耳鼻咽喉疾病等专科疾病诊治方面具有特色。在疑难杂症的诊治上更积累了丰富的经验，是国内首家成功开展连体婴儿分离术的儿童专科医院。 肾脏科
呼吸科
重症医学科
消化科
新生儿科
血液科
心脏内科
神经内科
内分泌科
特诊部 泌尿外科
普外科
胸心外科
神经外科
骨科 麻醉科
新生儿筛查中心
放射科
检验科
超声科
病理科
中心实验室
药学部 耳鼻咽喉头颈外科
皮肤科
眼科
中医科
口腔科
儿保科
康复科
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