使用有机肥料的主要优点是您将在未来数年内可不断耕种而不是消耗土壤。
天然得有机肥料有助于增强土壤健康。有机肥料是生态系统友好的替代品，可替代化学肥料。众所周知，化肥会消耗土壤微生物并浸入地下水中，对湖泊、河流、海洋生物造成巨大的“灾难”。
使用有机肥料的主要优点是您将在未来数年内不断耕种而不是消耗土壤。通过以可持续和环保的方式提高土壤肥力并刺激植物生长，有机肥料将为土壤增加养分，以供植物吸收。这些营养素还被居住在健康，生产性土壤中的多种微生物所利用，这些微生物反过来又有利于植物生长，并提高植物的免疫力以及对高温和干旱条件的耐受性。
硬质板结的土壤质地或散沙状的砂质土壤要种植蔬菜、果树或中药等作物是非常困难的（极个别作物除外，例如：黄精种植）。
若在田里混入有机肥，有机肥就会成为微生物的食物，有利于微生物的繁殖。细菌、真菌类、各种昆虫、蚯蚓等大小不同的生物开始活动。
此时透过微生物分泌的黏液，在微观的土壤中，离子结构成为小小的团状。这样的土壤成为团粒结构，非常适合作物的生长。
因为团子和团子之间的空隙，能使通气性、排水性良好。同时一个一个的团子也能贮存水分，保水性也很好。
在这样的土壤中有许多的微生物，彼此之间形成相互推挤的平衡。因此，就不会有恶性的微生物繁殖，就像人体的肠道一样，有益微生物与有害微生物达到平衡。同时混入有机肥的作物害能提高病虫害侵袭的风险。
怎么用？
基肥（底肥）施用
基肥，一般叫底肥，是在播种或移植前施用的肥料。在翻耕时，将有机肥均匀施入，随着翻地将肥料翻入土中，这种方法简单，易操作，能够起到很好的改良土壤的目的，但于其均匀施入土壤，不能全部甚至大部分接触根系从而被根系利用，因此，肥料利用率这势必造成多余的浪费，带来一定的经济损失，其次也容易产生土壤障碍。因此该方法比适合于种植密度大的作物。
追肥施用
有机肥用作追施的方法有土壤深施和根外追肥两种。土壤深施一般将有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。根外追肥是将堆肥与10倍的水混合均匀，静置后取其上清液，借助喷雾器将肥料溶液喷洒在作物叶面，以供叶面吸收。
用作种肥
种肥的使用方法有多种，如拌种、浸种、条施、穴施等。拌种是用少量的清水，将有肥溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀地沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1:10的比例，把种子放入溶液中浸泡12~24h，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。开沟或挖穴后将肥料施入耕层3~5cm的沟、穴中，再在肥带附近播种，种肥距保持在3cm以上。用作种肥肥料要求养分释放要快，不能过酸、过碱，肥料本身对种子发芽无毒害作用，堆制后充分腐熟的有机肥是很好的种肥。
用作育苗肥
充分腐熟的有机肥料，分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以10%的发酵充分的发酵有机肥料加人一定量的草炭、蝇石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用。
有机肥全层施肥与集中施肥
全层施入是将有机肥撒满地表，通过耕地使有机肥施入全土层中，这种施肥方法在有机肥较多(每亩4000~6000kg)或者作物密度较大的情况下可以应用。集中施入土壤中就是通过开沟把堆肥施入作物的根系附近，这种施肥方法在肥料较少（每亩1500~3000kg)和土壤肥力比较低的情况下，值得采用。
主要作用是直接补充碳营养。
改善土壤中的微生物环境和物理结构。
抑制植物的病原菌。
提高植物的自身的免疫力。
提高作物的品质和耐储运性。
生物有机肥是新型肥料,也是今后大有发展空间的可以代替化学肥料的绿色肥料。