慢性结肠炎的治疗需要综合考虑多种因素，包括自身免疫、病原体感染、遗传基因及精神压力等。首要的是增强人体免疫力，通过均衡饮食、补充营养品如花粉来提升营卫能力。对于病原体感染，既要提升免疫力以增加白细胞数量，同时通过淋巴排毒排出病原体毒素，抑制病原体生长。遗传和精神因素的影响也不容忽视，保持愉悦的心情和适度的生活压力有助于防止疾病复发。
中医穴位疗法在结肠炎治疗中占有重要地位，通过刺激经穴调整能量流动，达到治疗和保健效果。在用药上，排泄系统管理是关键，包括调整饮食，避免刺激性食物，补充液体和电解质，必要时使用抗感染药物。激素疗法和免疫抑制药物可以缓解症状，但需谨慎使用，以免副作用加重病情。
干细胞疗法显示出了显著的治疗效果，能改善患者症状，费用相对较低，且手术风险较小。此外，休息和合理饮食也是治疗过程中不可忽视的部分，腹泻期要特别注意营养补充，避免可能加重症状的食物。
结肠炎的治愈标准是大便恢复正常，内镜检查显示结肠粘膜无炎症。治疗过程中要避免误区，如盲目服药、滥用抗生素，以及中途停药。治疗应结合药物、营养和心理支持，以达到最佳效果。预防工作包括合理饮食、心理调适和避免诱发因素。
结肠炎又称非特异性溃疡性结肠炎，起病多缓慢，病情轻重不一，腹泻是主要症状，排出脓血便、粘液血便或血便，常伴里急后重，有腹痛→便意→排便→缓解的特点。