瑞安市人民医院的科室设置丰富多样，旨在提供全方位的医疗服务。首先，医院设有普外科，专业处理各种普通外科疾病；骨科则专注于骨骼系统的健康，包括骨折、骨病的治疗。泌尿外科主要关注泌尿系统的疾病，如肾病、前列腺问题等。
心胸外科关注心脏和胸腔的疾病，如心脏病、肺部手术等；妇产科是专门处理妇女生殖系统和孕期保健的科室，确保母婴健康。眼科负责眼部疾病的诊断和治疗，包括近视、白内障等；口腔科则致力于牙齿和口腔健康的维护。
耳鼻喉科关注耳鼻喉部位的疾病，如耳鸣、鼻炎等；中医科则是医院的传统医学力量，运用中医理论进行疾病治疗。儿科服务对象是儿童，提供儿童疾病预防和治疗；急诊科是医院的急重症处理中心，能迅速应对各类突发医疗状况。
感染科和预防保健科负责疾病的预防和感染控制；康复科致力于患者的康复治疗，帮助恢复健康。神经内科和心血管科分别处理神经系统和心脏疾病的病人；消化内科关注消化系统的健康问题，如胃炎、肠胃病等。
神经外科处理神经系统疾病，如脑部手术；肿瘤外科则专门针对肿瘤疾病进行手术治疗。肾内科关注肾脏疾病，而烧伤科则专门治疗烧伤和创伤后的康复。内分泌科研究和治疗内分泌失调；血液科关注血液系统疾病。
呼吸内科处理呼吸系统疾病，如哮喘、肺炎等；监护中心负责危重症患者的监护和救治。肿瘤内科在肿瘤疾病的治疗上具有专业优势；介入科采用微创技术进行疾病治疗，如血管介入、肿瘤介入等。
住院麻醉科负责手术过程中的麻醉和术后护理；放射影像科提供医学影像诊断服务；碎石室则专注于解决尿路结石问题。超声影像科利用超声技术进行疾病筛查和诊断；护理部是医院的核心服务部门，提供全面的护理服务。
最后，信息科负责医院的信息化管理，确保数据安全；营养科则关注患者的饮食健康，提供专业的营养指导。这些科室的设立，使瑞安市人民医院具备了全面而专业的医疗能力，满足了不同患者的需求。
瑞安市人民医院位于瑞安市万松路108号，创建于1937年， 现为国家三级乙等综合性医院，温州医学院附属第三医院和温州医学院第三临床医学院，是瑞安市集医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的医学中心。