湛江海关源于1685年的粤海大关海安征税总口，拥有300多年历史，正式成立于1950年2月11日，名为“中华人民共和国湛江海关”。该海关机构现包括1个副厅局级内设部门，15个正处级内设机构，3个正处级直属海关，5个正处级派驻机构，以及2个事业单位和社会团体，拥有超过千名的干部职工。其中，缉私局作为副厅局级部门，设有8个处室和3个分局，具备全面的缉私职能，包括情报侦查、法制和海上缉私等。
湛江海关位于广东省西南部，战略位置十分重要，地处粤、桂、琼三省交汇处，服务范围涵盖湛江和茂名两市，拥有1776公里的海岸线和丰富的港口资源，是西南地区的主要出海通道，同时也是通往东南亚、非洲、欧洲、大洋洲和中东等地的最短贸易口岸。海关业务覆盖海、陆、空、邮，以大宗散货进出口为主。
随着粤西地区进入以重大项目引领发展的重要阶段，中科炼化、宝钢湛江钢铁基地和茂名石化等重大项目相继启动，为当地经济注入动力，也为湛江海关带来了发展机遇。为适应形势，海关提出在3至5年内建设“现代化一流强关”的目标，旨在服务区域经济的同时实现自身发展。
在2012年，海关深入落实全国海关关长会议精神，以科学发展观为指导，通过深化业务改革提升监管效能，打击走私行为，改进服务方式，强化队伍建设，以及完善风险防控机制，取得了显著成果。上半年，监管货运量增长6.6%，进出口总值和税收入库分别增长5.3%和6.7%，打私工作也取得了显著提升。同时，海关积极支持区域经济和重大项目发展，致力于打造一支高素质的干部队伍，为全面履行海关职责提供了坚实保障。
湛江海关关区范围包括湛江、茂名两市及其管辖的县、市、区，海岸线长达1550公里，约占全省海岸线的1/2。湛江海关前身是解放前的雷州关，至今已有300多年的历史，新中国成立后，1950年2月11日，经中央人民政府批准，成立湛江海关，直属海关总署领导。湛江海关拥有3个隶属关、7个办事处（其中4个隶属总关、3个隶属茂名海关）、内设13个处室的副厅（局）级单位，业务种类齐全，有对进出境船舶、飞机、汽车等运输工具及其所载货物的监管，三资企业、加工贸易管理，保税业务，征收关税，查缉走私，对旅客行李物品的验放，编制海关统计等。