黄冈市地方税务局作为市地税系统的组成部分，其人员编制、机构设置、干部管理和经费开支由省级地方税务局垂直管理。这一管理体系确保了统一的行政管理和财务标准。黄冈市地方税务局下辖10个县市区局，包括黄州区地方税务局、团风县地方税务局等，以及市直的两个直属机构，如市局稽查局和税费服务局，以及三个派出机构如东坡分局和龙感湖分局，这些机构共同构成了黄冈市地税系统的坚实骨架。
全市共有内设行政机构99个，其中市局内设机构包括办公室、政策法规科、收入规划科等14个部门，负责制定政策、规划税收和管理财务等核心工作。这些部门如办公室负责日常行政事务，政策法规科负责法规研究，收入规划科负责税收计划的制定。此外，还有财务装备科、征收管理科、税政管理科等，确保税收的征收和政策执行的准确性。
县市区局内设机构则各有特色，如每个县市区均设有办公室、监察考评科和税费服务科，这些部门负责当地税收的日常监督和公众服务。信息管理科和税费管理科则承担着信息化建设和税收管理的任务。例如，黄梅县地方税务局设有相应的办公室、监察考评科等，致力于提供高效、透明的服务。
黄冈市地方税务局成立于1994年7月，是主管全市地方税收工作的职能机构，机构级别与同级人民政府工作部门级别一致。市地方税务局受省地方税务局与黄冈市人民政府双重领导，以省地方税务局垂直领导为主。