毛鹏军的科研成果丰硕，以下是他的部分突出贡献:
1. 【基于WebGIS的农产品品质安全监控与预警系统】，该成果荣获卓越地位，排名第一，并获得了河南省科技进步二等奖的殊荣。
2. 【密集烤房全自动装煤点火卸渣装置】，同样表现出色，位居榜首，为烟草行业的自动化进程做出了重要贡献。
3. 【9YKS-0.9(1.5)型根茬收割方草捆压捆机】，尽管排名第二，但其创新技术在农业机械领域受到了高度认可，获得了河南省许昌市科技进步一等奖。
4. 【密集烤房鲜烟自动装炕装置】，尽管排名较低，但作为实用型技术，它在烟草烘烤设备中占有重要位置，荣获河南省洛阳市科技进步二等奖。
此外，毛鹏军在计算机视觉和控制技术方面也有所建树:
5. 【基于计算机视觉的烟叶自动分析系统硬件设计】，凭借其创新设计，获得了河南省第十届优秀论文二等奖，排名首位。
6. 【基于径向基函数网络的变量施肥决策研究】，以及
7. 【无刷直流电动机转矩脉动抑制控制方法】，两者同样荣获河南省第十届优秀论文二等奖，展示了他在智能农业领域的深度研究和扎实技术实力。