深圳大学医学院提供临床医学和生物医学工程两大学术特色专业。
自2008年起，临床医学本科专业设立并逐步发展。设有7个基础医学教研室，包括解剖学、生理学等，每个教研室都是各自领域的研究中心，推动科研与教学的深度融合。深圳大学第一附属医院拥有多个省级和市级重点专科，如血液内科、神经外科等，并设有国家级和市级重点实验室，为学生提供了丰富的实践和创新平台。专业实施双导师制，注重实践能力和创新能力的培养，目标是培养具有国际化视野、扎实理论基础和临床技能的高级医学人才。
招生方式包括高考理科生、本校选拔生，并提供全免住宿费和学费的待遇。学生将学习人体解剖学、病理学等基础和临床课程，部分课程采用双语教学，毕业生具备国际医学精英的潜力。
自2008年起，生物医学工程专业逐渐壮大，师资力量雄厚，科研实力强大。学科覆盖医学超声、生物医学光学等多个领域，与深圳本地医疗器械产业紧密合作，为学生提供了丰富的就业机会。该专业旨在培养具备数学、物理、电子和外语基础，能在生物医学工程等领域从事科研、教学和产业工作的专业人才，通过严谨的科学实验训练和初步的科学研究训练。
主要课程包括数字电路、生物医学工程基础等，学士学位为工学。
专业招生受限于教育部、卫生部和中国残疾人联合会的体检规定，色盲、色弱者以及视力和听力有特殊限制的学生将不被录取。
深圳大学医学院于2007年经深圳市人民政府批准成立，下设临床医学系、生物医学工程系和深圳大学医学院华大基因研究院，目前拥有两个本科专业（临床医学、生物医学工程），一个一级学科硕士学位授权点（生物医学工程专业）。现有师资136名，其中，临床医学师资89名，全部具有高级职称，基础医学师资50%具有海外留学或工作经历。