二战期间，日本为了掠夺印尼的石油和原料，为了建立控制印度洋和中国南海的军事基地，打着“援助”的旗号侵人印尼。日本占领印尼后，一面以“三亚运动”从思想上奴化印尼人民；一面强化法西斯统治，对印尼人民进行压榨。
对此，印尼人民开展多种形式的反抗斗争。印尼共产党领导人阿米尔·沙里佛丁在1942年建立的“反法西斯人民运动”、印尼共产党于1944年初创建的“自由印度尼西亚运动”以及由著名资产阶级民族运动活动家苏加诺领导的“民众力量中心”是日本占领时期抗日斗争的核心组织。1945年日本投降后，在革命形势的推动和人民渴望独立的强大压力下，苏加诺、哈达以及各反法西斯进步组织的代表，于8月17日在雅加达举行会议，签署了独立宣言，宣布印尼独立。
独立宣言迅速传遍全国，各地纷纷举行示威游行，高呼“一日独立，永远独立”等口号。工人阶级和各阶层人民自己起来解除日军武装，占领工厂、电台，建立政权机构。印尼历史上著名的“八月革命”从此展开。18日，各政党、各社团召开“印尼独立筹备委员会”，通过共和国宪法，选举苏加诺、哈达为正、副总统，社会党人沙里尔为总理。10 月，所有政党被宣布为合法组织。以沙里尔为首的内阁诞生。八月革命结束了荷兰300多年的殖民统治和日本3年多的占领。
但印度尼西亚共和国成立不久，遭到英国军队和荷兰军队的侵略。1945年11月10日，1、5万名装备落后的印尼武装部队在泗水镇与英军鏖战15天，给英军以重创。11 月10日后被印尼定为“英雄节”。在世界舆论的谴责下，英军不得不在1946年10月撤出印尼，但却把占领区交给荷兰殖民者。直到1949年11月2日，荷兰政府迫使印尼在海牙签订了《圆桌会议协定》。据此，印尼共和国15个邦共同组成印度尼西亚联邦共和国，参加荷印联邦，重新受到荷兰的控制。
1950年8月14日，印尼联邦众议院通过了统-的印度尼西亚共和国临时宪法。8月15日，统一的印度尼西亚共和国正式宣布成立，苏加诺为总统。1955年8月，印尼政府废除与荷兰有关的外交、军事、文化合作协定，1956年3月，印尼第一届普选产生的国会成立，阿里·沙斯特罗阿米佐约组阁，4月21日废除圆桌会议协定。又经过斗争，于1963年5月10日收复西伊里安，至此，印尼共和国的统一和领土完整得到实现。