中国农业银行借记卡设置了日限额50000，但只能转账1000元，可能是因为该卡的转账限额单独设置了1000元的限制。
借记卡的转账限额是可以根据不同客户的需求和风险偏好进行单独设置的。尽管该卡的日限额是50000元，但银行可能根据客户的要求或风险控制的需求，对该卡的转账功能进行了额外的限制。
例如，银行可能会根据客户的交易历史和信用记录，对转账额度进行限制，以防止欺诈或洗钱等风险。此外，客户自己也可能在银行柜台或网上银行中，对转账额度进行了自定义设置。
因此，尽管该借记卡的日限额是50000元，但由于转账限额的单独设置，导致只能转账1000元。如果需要调整转账限额，客户可以前往银行柜台或通过网上银行进行申请和设置。同时，银行也会根据客户的需求和风险情况，对转账限额进行合理的调整和管理。