在使用该系统时，可能会遇到同一篇论文多次检测结果不一致的情况，其原因有以下几种可能：
程序缓存：CNKI查重系统可能会把之前检测过的论文存在程序缓存中，以便快速应答和提高查询速度。如果该缓存中已经保存了部分或全部相同的文章内容，第二次或更多次查重系统就可能只负责比对余下部分，并给出不同的重复率。
数据更新：由于检测规则、检测算法、语言库等各方面的改进升级，CNKI查重系统的数据集也会不断更新。在两次检测之间，如果系统发生了数据更新，那么会出现第一次和第二次重复率不同的情况。
文章内容修改：如果论文作者在两次检测之间对文章内容做了任何修改，包括添加、删除、调整等操作，都可能导致查重结果不同。因为CNKI系统是根据文本中的字符和结构来生成指纹，并将这些指纹与数据库中的其他指纹进行比对，如果文章内容发生改变，那么指纹就会改变，查重结果也就自然地不同。
总之，CNKI的查重系统毕竟只是一种算法处理工具，不能保证100%的准确性。如果您对其检测结果抱有疑虑，可以多次查询，或者尝试使用其他可靠的查重工具以获得更加稳定、准确的论文重复率。
其次，论文查重系统的准确性和完整性也是导致结果不同的一个原因。虽然这些系统已经通过大量的测试和优化，但它们依然无法完全做到百分之百的准确性。一方面，查重系统可能由于技术原因或者数据库局限性而无法涵盖所有的文献和学术论文。另一方面，一些学生可能会采取一些措施来规避查重系统的检测，比如更改语句结构、使用同义词替换等，这可能导致系统无法正确识别相似度并给出准确结果。
此外，查重系统的使用方式也会对结果产生影响。不同的学校、学院或者导师可能会使用不同的查重系统，甚至不同的版本，这样就可能导致结果不同。而且，查重系统的设置参数也会影响最终的结果。比如一些系统允许用户设定一个相似度的阈值，如果论文的相似度超过该阈值，就会被判定为抄袭。不同的阈值设定自然会导致不同的结果。
知网查重两次结果不一样的原因可能有以下几点：
数据库更新：知网数据库会不定时进行更新，这可能导致两次检测结果不同。
论文结构变化：在修改论文的过程中，可能会改变论文结构或修改字数，这会影响到查重结果的一致性。
算法差异：不同的检测系统可能有不同的算法，这会导致结果不一致。
引用文献：如果在引用文献时没有使用正确的引用格式，或者过度引用，都可能导致重复率偏高。
格式问题：如果论文的格式没有按照学校的要求进行排版，可能会导致重复率偏高。
因此，在知网查重时，需要注意以上问题，并且要严格按照学校的要求进行排版和格式设置，以保证结果的准确性。同时，如果想要获得更准确的查重结果，建议在提交学校之前使用学校规定的查重系统进行查重检测，以确保论文符合学校的要求。