您好，不知道您问的是MYSQL数据库的连接工具哪个好，还是MYSQL的版本。
就一一进行解答吧。
1、MYSQL版本
MySQL Community Server 社区版本，开源免费，但不提供官方技术支持。
MySQL Enterprise Edition 企业版本，需付费，可以试用30天。
MySQL Cluster 集群版，开源免费。可将几个MySQL Server封装成一个Server。
MySQL Cluster CGE 高级集群版，需付费。
MySQL Workbench（GUI TOOL）一款专为MySQL设计的ER/数据库建模工具。它是著名的数据库设计工具DBDesigner4的继任者。MySQL Workbench又分为两个版本，分别是社区版（MySQL Workbench OSS）、商用版（MySQL Workbench SE）。
MySQL Community Server 是开源免费的，这也是我们通常用的MySQL的版本。根据不同的操作系统平台细分为多个版本
说明：
选择Generally Available（GA）Release 去下载。GA 是指软件的通用版本，一般指正式发布的版本。
“essentials” 是指精简版，不包含 embedded server and benchmark suite，有自动安装程序和配置向导，没有MySQL文档。
“noinstall” 是指非安装的压缩包的。包含 embedded server and benchmark suite，没有自动安装程序和配置向导，需手动安装配置，有MySQL文档。
mysql-essential-5.1.60-win32.msi 是精简版，如果只需要mysql服务，就选择此版本。
mysql-5.1.60-win32.msi 是完整版，包含安装程序和配置向导，有MySQL文档。
mysql-noinstall-5.1.60-win32.zip 是非安装的zip压缩包，没有自动安装程序和配置向导，需手动安装配置，有MySQL文档。
mysql-5.1.60.zip 是用于windows的Mysql源码压缩包
带 "winx64" 的则是对应的64位版本，在64位操作系统下使用。
一般做后台开发，我们就下载mysql-essential-5.1.60-win32.msi 即可。
2、连接工具 我自己是使用navicat
navicat for mysql
Navicat是MySQL和MariaDB数据库管理与开发理想的解决方案。它可同时在一个应用程序上连接MySQL和MariaDB数据库。这种兼容前端为数据库提供了一个直观而强大的图形界面管理、开发和维护功能，为初级MySQL和MariaDB开发人员和专业开发人员都提供了一组全面的开发工具。
SQLyog
SQLyog是一款功能最强大的MySQL管理工具，它综合了MySQL工作台、php MyAdmin和其他MySQL前端及MySQL GUI工具的特点。该款应用程序可以同时连接任意数量级的MySQL服务器，用于测试和生产。所有流程仅需登录MySQL root以收集数据，用户无需安装在MySQL服务器上。
如果以上几点都不是您想要的，可以补充问题。