新宿站作为东京重要交通枢纽，与周边多个车站紧密相连，形成高效便捷的交通网络。山手线从代代木站出发，途经新宿站后到达新大久保站。埼京线及湘南新宿线则连接涩谷站与池袋站，途径新宿站，为沿线乘客提供快速通勤服务。中央线（快速）则通过通勤特快在四谷站与新宿站之间往返，服务平日朝上行的乘客。中央、总武线则提供各站停车服务，从代代木站到大久保站，方便乘客在沿线站点上下车。
小田急电铁的小田原线在新宿站设有多个等级的列车，包括快速急行、急行、准急和区间准急，连接新宿站与代代木上原站及南新宿站，满足不同乘客需求。京王电铁与东京都交通局的京王线提供特急、准特急服务，从新宿站直达明大前站，为乘客提供快速便捷的出行体验。京王新线与都营新宿线则在新宿站内设站，提供急行服务，连通初台站、市谷站与新宿三丁目站，服务通勤快速、快速及普通级别的乘客。
东京地下铁的丸之内线在新宿站与西新宿站、新宿三丁目站之间往返，通过新宿站这一重要节点，为沿线乘客提供快速、便捷的通勤服务。这一系列的车站连接和线路布局，共同构建了新宿站作为东京交通枢纽的核心地位，为乘客提供了多样化的出行选择，确保了城市交通的高效流畅。
新宿站是日本东京都新宿区最主要的铁路车站，使用新宿站的铁路业者包括东日本旅客铁道（JR东日本）、小田急电铁、京王电铁、东京地下铁及都营地下铁等。新宿站每日使用人次，以出入闸人次计算，JR路线为157万，属日本第1位、各机构总和则达每日364万人次，是世界上最高使用人次的铁路车站。