不是一个车站，二者主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、太仓站
江苏省太仓市苏州东路。
2、太仓南站
江苏省苏州市太仓市新城区南星路。
二、车站规模不同
1、太仓站
建筑面积：10998 m²（截至2020年7月）。站台规模：2台6线（截至2020年7月）。
2、太仓南站
建筑面积：5999平方米（截至2020年7月）。站台规模：2台5线（截至2020年7月）。
三、主要线路不同
1、太仓站
主要线路：沪苏通铁路、江苏南沿江城际铁路。
2、太仓南站
主要线路：沪苏通铁路。
以上内容参考 百度百科-太仓站、百度百科-太仓南站