论文的脚注和参考文献的区别如下：
1、不同格式
根据实际情况，脚注和尾注表示的内容不同，要求的格式也不同。除发表期刊论文外，必须在第1页脚注中注明文章的对应作者、第一作者、年龄、职称、研究方向等相关信息。另外，对于脚注和尾注需要什么样的固定格式，也没有明确的具体要求。论文脚注怎么标注才不会被查重？
参考文献的对比分析和注释需要更具体的要求。在学术论文的写作中，不仅对字体、字号以及文章中展现的形式有严格的规定，甚至有的院校期刊规定参考文献的数量必须达到一定的数量，而且要保证中英文论文的比例，以保证文章的学术性。
2、对文章的影响。
脚注、尾注和参考文献是文章的一部分，但由于学术论文对字数和查重率的要求，注释和参考文献会对其产生不同的影响。
首先，评论和参考文献都算作论文的字数，但在统计论文正文的字数时，参考文献不算论文的字数，脚注和尾注算。
何时应该用脚注和参考文献：
脚注和参考文献都是论文的必要组成部分。
脚注和参考文献的选择和要求，在前文第1点有一些表述。需要提醒的是，脚注和参考文献并不是越多越好，而是要根据实际情况，实事求是出具。有学生认为参考文献应该越多越好，这样才能显示自己文章博采众长，深有见地。其实不然，一位求大求多，效果可能适得其反。
一篇几千字的本科毕业论文，后边参考文献有多达近200条，几乎比正文内容都快要多了。这种情况，很可能有的学校查重时把参考文献也计算在内，这样就会影响到重复率，导致文章重复率过高，毕竟一篇篇文献标题摆在那里。
脚注和参考文献在学术论文中都扮演着重要的角色，但是它们之间存在一些明显的区别。
位置不同：脚注通常位于页面的底部，对文本中需要解释或补充的词语进行注释。参考文献则位于论文的结尾处，以列表的形式列出作者在撰写论文过程中所引用的其他文献资源。
作用不同：脚注主要用于对文中的某些词语或内容进行解释或补充说明，帮助读者更好地理解文章内容。这些注释可以提供额外的信息，例如对专有名词、术语、引文出处的解释等。而参考文献的作用是证明作者的研究工作的可靠性和权威性。通过列出所引用的其他文献资源，作者可以向读者展示他们的研究工作是基于已有研究成果的基础上进行的，并对其他学者的贡献进行了认可和感谢。
格式不同：脚注和参考文献在格式上也有所不同。脚注通常以数字或符号进行标注，并在页脚处进行解释说明。而参考文献则需要按照一定的引用格式进行书写，包括作者姓名、出版年份、文献标题、出版信息等。
总的来说，脚注和参考文献虽然都是对文本的补充说明或参考借鉴，但是它们在位置、作用和格式上有所不同。在撰写学术论文时，作者需要正确使用这两种注释方式，并遵循相应的引用格式要求。
其次，在功能和目的上，参考文献的作用主要是为了证明论文的可靠性和可信度，以及向读者提供更多阅读材料的参考。通过引用相关文献来支持论文的观点和结论，既可以证明作者对于学术研究的深入掌握，也能够加强论文论证的逻辑性和说服力。而注释的功能是为了对论文中的特定内容进行解释和补充说明，消除读者的疑惑和误解，增加论文的可读性和理解性。
最后，查重系统在论文撰写时起到了至关重要的作用。检测系统能够通过比对已存在的文献数据库，检测和比对论文中的文字相似度，从而判断论文的原创性和学术诚信性。通过使用查重系统，学生可以及时发现论文中可能存在的抄袭或剽窃行为，使其能够进行相应的修改和改进，确保论文的独立性和学术价值。