从历史底蕴来说，上海交通大学一直是著名大学，114年的历史，培养出很多人才，钱学森，弘一法师李叔同，吴文俊，唐文治、蔡元培、李叔同、黄炎培、邵力子、蒋梦麟、马衡、洪深、朱屺瞻、邹韬奋等人文社会科学领域的著名学者。而复旦是没有任何历史底蕴的。因为复旦的历史是空白的。
去复旦的校史馆就可以看得出，没有任何著名人物是复旦培养出来的，院系调整前的上海人都是以去复旦为耻的，现在上海的老一知识分子提起复旦也是一直摇头；
如果同时去过复旦大学的校史馆和交通大学的校史馆，简单的比较就可以看得出来两所学校历史底蕴的巨大差距，复旦是没有任何历史底蕴的。
比如复旦现在一直拿来宣扬的谷超豪，苏步青等等都是浙江大学的毕业生；
现在的上海东北部的复旦大学所有的学科都来自于1952年院系调整期间其他学校的支援，
所有的知名教授都来自于其他著名大学的支援，主要来自于浙江大学，交通大学，圣约翰大学等等，复旦聚集了华东地区所有著名大学的王牌学科；
复旦大学所有的系主任都是浙江大学和交通大学的教授担任，复旦大学的校长很多也是交通大学的毕业生，可见原来的复旦大学和浙大，交大实力相差之悬殊。
但是复旦在被输血之后这么多年，没有自己造血能力，没有奋斗能力，现在发展最差，现在一直在下降，吞并了交大那么多顶尖专业的复旦的综合实力排名还是不如底蕴深厚的交大。
如果你喜欢到一个朝气蓬勃的，发展日新月异，历史底蕴身后的大学来学习，那就来上海交大；
如果你喜欢来到一个沉沉闷闷，一直走下坡路只会在媒体进行各种炒作的大学学习，那就可以去复旦，
复旦尽管有100年的历史，但是是没有任何历史底蕴的，
下段文字摘于《大学教育科学》的院系调整史料研究，对于复旦的评价很委婉了，历史学家已经把复旦定性了。
（3）“空白”的复旦。
http://book.ifeng.com/special/49nianhoudaxue/201002/0203_9420_1536041.shtml假设当时全国只设五个综合性大学，上海最具竞争力的大学无疑是交通大学。可除了京城以外，这个最具战略地位的综合性大学却花落复旦，这同样不能令人信服。
复旦大学在民国高校中算不上一流。1952年院系调整时，原复旦大学在自然科学方面【既没有一个重要的学科】，【也没有一个有能耐的教授】。但就是这样一个当时现代科学家缺席的大学，在理工科独步天下的1950年代的院系调整中被定为综合性大学，许多强校的优势学科、著名学者都要弄往复旦，这完全出乎人们的意料。
因为，无论是企业的兼并，还是学校的重组，一个自然的选择总是以大吞小，以强吸弱，这符合当事人的心理需求，更便利日后的正常运行。如最近一次的高校合并，就是规模小的大学或二、三流的大学并入规模大的或一流的大学，而不是相反。
假如【今日的复旦，并入上海的一般性高校】，岂不成了笑话？
可当时的确是反其道而行之的。不过，这一貌似“外行”的举措实则是【精心设计】的，堪称【院系调整中的一个经典】。因为，作为华东高校的新科状元，上海、浙江区域唯一的综合性大学，复旦可名正言顺地【把沪、浙两地的高校名流尽收麾下】；同时又阻止了浙大、交大、同济等名校的名师在其中的任一本部的“会师”，大大方便了今后的治理。只要便利自己的驾驭，几乎可以不考虑其他，这是院系调整的一大特征；设综合性大学时弃浙大、交大而取复旦，便是一例。