到工商部门办理变更登记手续 ，提交股东会决议、新的公司章程、和变更申请表
股权转让纳税义务
1、印花税
股权转让行为发生频率不高，不少纳税人尚不知道股权转让书据需要贴花。而实际上，印花税作为一种行为税，只要纳税人书立、领受《中华人民共和国印花税暂行条例》列举的应税凭证，就必须贴花。股权转让所立的书据便属于印花税征税税目。
（1）适用税目。
根据国税发[1991]155号《关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》第十条解释，企业股权转让所立的书据属于“产权转移书据”税目中“财产所有权”转移书据的征税范围。
（2）税率。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》附件规定，产权转移书据的税率为：按所载金额万分之五贴花。
（3）纳税义务人。
纳税义务人为立据人，即转让人和受让人。
（4）纳税义务发生时间。
《中华人民共和国印花税暂行条例》第七条规定，应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花。
（5）纳税举例。
某有限公司成立于2001年，原有自然人股东A、B两个人，出资额分别为100万元、150万元，2011年5月6日分别于C自然人签订股权转让协议，采取平价转让，约定A将其中的50万元转让给C,B将全部150万元转让给C，则A、B、C三人分别应纳印花税50×5＝250元、150×5＝750元、（50+150）×5＝1000元。
2、个人所得税
不少纳税人、扣缴义务人对于股权转让环节可能涉及个人所得税纳税义务认识较为片面，以为只要自然人股东采取平价或低价形式转让股权，便没有所得，无须申报缴纳或扣缴个人所得税；甚至有的受让人不知道在向转让人（原自然人股东）支付股权转让款项时有扣缴其个人所得税的义务，从而给征纳双方增加不必要的成本、损失。现就相关政策作一梳理。
（1）适用税目。《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）第二条第九项规定，财产转让所得应纳个人所得税。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（以下简称实施条例）第八条第九项规定，股权转让所得属于财产转让所得项目。
（2）应纳税所得额的计算。实施条例第二十二条规定，财产转让所得按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，作为应纳税所得额。
就股权转让所得而言，其应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
自然人股东股权转让价是自然人股东就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，以其实际成交价为股权转让价。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上所注明的价格明显偏低或者无凭证的，由主管地方税务机关参照当地的市场价格核定。
自然人股东股权转让完成后，转让方个人因受让方未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因股权转让而产生的收入。
股权计税成本是指自然人股东投资入股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让价金额。
（3）税率。个人所得税法第五条第五项规定，财产转让所得适用百分之二十的比例税率。
（4）纳税义务人、扣缴义务人。个人所得税法第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。对于股权转让来说，即以受让人为扣缴义务人。
（5）纳税申报。实施条例第三十五条规定，扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。同时，个人所得税法第九条规定，扣缴义务人每月所扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。
国税函〔2009〕285号文件第一条规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。第二条规定，股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
（6）主管税务机关。国税函〔2009〕285号文件第三条规定，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。
（7）平价、低价转让的税收政策。国税函〔2009〕285号文件第四条第二款规定，对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
对于计税依据明显偏低且无正当理由如何判定、何为正当理由、对申报的计税依据明显偏低且无正当理由如何核定，国家税务总局公告2010年第27号分别在第二条、第三条、第四条予以明确。
合同债务律师网 李校帆
www.hflvshi.cn追问请问像我这种情况是退股对我有利还是转让股权对我有利？还有当时注册公司的那100万元并没有那么多，如果我退股，真的要按100万的40%来给我算缴税额吗？谢谢您！