元代末年,白鹿洞书院被毁于战火。
明代最早的一次维修为正统元年(1436年),以后还有成化、弘治、嘉靖、万历年间的维修。
白鹿洞书院最初没有洞,有人认为这是一件罕事。明嘉靖九年(1530年),南康知府王溱祭山开洞,刻湛若水《心性图说》于碑屏、《四勿总箴》于洞壁。吕棺撰《新辟白鹿洞记》。直到嘉靖十四年(1535年),南康知府何岩才置石鹿于洞中,井作《石鹿记》。明万历四十二年(1614年),参议葛寅亮认为不应开洞置鹿,于是将石鹿从洞中取出埋于地下。
明正统三年(1438年),南康知府翟溥福建,明弘治十年(1497年),江西提学佥事苏葵重建明伦堂。明伦堂原为书院讲堂,是白鹿洞书院中的重要场所
棂星门始建于明成化二年(1447年),为南康知府何溶所建。明弘治十一年(1498年),南康知府苏葵重建。原为木构建筑,后由知府周祖尧改为六柱五门的石坊
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