历史7世纪时即有阿拉伯人进入该地。15世纪中叶葡萄牙和西班牙人侵入。
1885年西班牙将布朗角到博贾多尔角一带划为它的保护地。1934年，西撒哈拉沦为西班牙殖民地。1958年西撒哈拉改为西班牙的海外省。1973年5月，萨基亚阿姆拉和里奥德奥罗人民解放阵线(简称“西撒人阵”或波利萨里奥）宣布成立，决定通过武装斗争争取西撒哈拉独立。其邻国阿尔及利亚、摩洛哥和毛里塔尼亚反对西班牙对西撒哈拉的统治。1975年11月14日，西班牙、摩洛哥、毛里塔尼亚签订《马德里协议》，规定西班牙于1976年2月26日撤离西撒哈拉。摩洛哥、毛里塔尼亚随即签订分治西撒哈拉协定，摩占领北部17万平方千米，毛占领南部9万多平方千米。阿尔及利亚谴责摩、毛瓜分西撒哈拉。1976年2月27日，西撒人阵宣布成立阿拉伯撒哈拉民主共和国。摩、毛军队与西撒人阵的武装力量不断发生冲突。1979年8月，毛里塔尼亚同西撒人阵签订和平规定，放弃对西撒哈拉的领土要求，退出西撒战争，摩洛哥乘机占领了毛里塔尼亚退出的地区。
非洲统一组织和联合国出面斡旋。1979年第十六届非统首脑会议建议在西撒哈拉全面停火，并组织公民投票，以决定独立或维持现状。1981年6月，第十八届非统首脑会议通过决议，要求在西撒哈拉举行公民投票，并成立西撒哈拉问题实施委员会。1983年6月第十九届非统首脑会议通过决议，要求冲突双方直接谈判，以实现停火和公民投票。1984年11月，西撒哈拉首次作为非统成员国出席第二十届非统首脑会议。
自1975年以来，联合国大会多次通过关于西撒哈拉问题的决议，重申西撒哈拉人民有不可剥夺的自决和独立的权利。1986年4～5月，在联合国秘书长德奎利亚尔的主持下，摩洛哥和西撒人阵在纽约举行两轮间接谈判，各自阐述了对西撒问题的一贯立场。1987年7月，双方在日内瓦举行第三轮会谈，讨论了联合国派遣技术小组去西撒哈拉进行实地考察。经考察后，1988年8月15日，德奎利亚尔会见两国外交代表，向他们各交一份解决西撒问题的和平建议，摩洛哥表示原则同意、西撒人阵表示有条件地接受。1989年6月，德奎利亚尔访问了摩洛哥、阿尔及利亚和西撒地区，并组成西撒和平计划实施技术小组。1990年6月19日，德奎利亚尔发表西撒局势调查报告，提出了和平计划的执行计划。1991年4月29日联合国一致通过690号决议，批准秘书长关于西撒哈拉公民投票的修正案。9月6日宣布正式停火，结束了长达16年之久的军事冲突。下一步就是举行公民投票以决定西撒哈拉的前途。
1991年4月，联合国安理会通过决议，设立联合国西撒哈拉全民投票特派团（简称“联合国西撒特派团”），负责监督西撒哈拉双方停火状况，并组织让西撒哈拉人民决定该地区未来地位的公民投票。但由于冲突双方在确定选民资格等重要问题上存在严重分歧，公投一拖再拖，西撒特派团的任期也一再延长。 联合国派往西撒哈拉的军事观察人员共300多人（由25个国家派出），设有总司令部和下属3个地区司令部及10个哨所，其职责除监督摩洛哥和西撒人阵执行停火协议外，还担负着组织、监督西撒哈拉自决公民投票的任务。摩洛哥目前控制着西撒哈拉约四分之三的地区。2007年4月，摩洛哥推出“西撒哈拉自治计划”，希望以此重启西撒问题和谈进程。根据这一计划，西撒哈拉将在摩洛哥主权范围内实行高度自治，摩中央政府控制西撒哈拉外交与安全，西撒哈拉自治政府则在社会、经济、文化等方面享有充分权力。然而，“西撒哈拉自治计划”遭到西撒哈拉人民解放阵线的坚决反对，认为摩方此举完全背离其先前同意西撒哈拉自决的立场。
西撒哈拉2007年4月30日，联合国安理会通过第1754号决议，呼吁西撒问题有关各方、地区各国与联合国通力合作，结束西撒问题僵局，并在谋求政治解决方面取得进展。在国际社会共同努力下，西撒问题和谈进程在停顿近10年后再次启动。有关各方在2007年7月、8月和2008年1月的三轮和谈中未能取得进展。2008年3月，第四轮西撒问题会谈在纽约郊区曼哈塞特举行，会谈没有取得显著进展。
西撒问题迟迟难以解决，不仅严重阻碍了摩洛哥的经济和社会发展，还对地区稳定与发展、区域一体化建设以及全球反恐形势构成不利影响。因摩洛哥与阿尔及利亚失和，阿拉伯马格里布联盟的建设陷入停顿；自1984年至今，摩洛哥因西撒问题始终游离于非洲联盟之外；在反恐战争中，摩洛哥、阿尔及利亚、西撒哈拉、毛里塔尼亚接壤地区由于得不到有效管理已成为恐怖组织策划袭击活动的重要据点。
2007年9月17日，来自中国的赵京民少将在西撒哈拉首府阿尤恩正式就任联合国西撒哈拉全民投票特派团军事部队指挥官，成为联合国维和部队中的首位中国司令。
西撒哈拉有关各方对西撒哈拉地位至今争论不定，以至于发生武装冲突。西撒哈拉目前在摩洛哥和西撒人阵分别控制之下。
①摩洛哥控制区。摩洛哥在西撒哈拉设立4个省的建制，并且建立了各级行政管理机构和地方会议、协商会议。摩洛哥十多个政党也在西撒哈拉积极活动，设立了各自的支部。摩洛哥在西撒哈拉投资十多亿美元，大兴土木修建城市。在首府阿尤恩修建了哈桑二世国际机场。摩洛哥控制区发展迅速，首府阿尤恩市由2万余人的小镇发展为拥有13万人的现代化城市。摩洛哥在西撒哈拉的驻军及附属人员共15万。
②西撒人阵控制区。阿拉伯撒哈拉民主共和国把西撒哈拉分为5大行政区，但实际上仅控制与摩洛哥、毛里塔尼亚、阿尔及利亚交界的狭窄地带；自然条件很差。西撒人阵难民营设在阿尔及利亚，分4大营地，下分几个小营。各营地有学校、医院、卫生所，并进行生产活动。难民总数约15万人。联合国难民署每年向西撒人阵提供援助约350万美元。
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