水利部农村水电及电气化发展司的主要职责主要包括以下几个方面：
水能资源开发：司负责拟定农村水能资源开发的政策、法规和技术标准，指导其开发工作，并确保这些政策和标准的实施。
资源调查与管理：司组织水能资源调查，并负责建设和管理水能资源信息系统，确保数据的准确和更新。
规划编制与监督：司指导农村水能资源开发规划的编制和监督实施，同时参与权属管理和有偿使用制度的研究。
项目审核与审查：司负责中央补助项目的审核，并参与水电项目合规性和工程方案的审查工作。
质量和安全：司指导农村水能工程的质量和安全，对重大安全事故进行督查，保障工程的顺利进行。
体制改革与产权改革：司负责指导农村水电体制改革，推进水电工程设施产权制度改革，以及与电网建设与改造相关的管理工作。
水电电气化与小水电代燃料：司负责水电农村电气化规划的编制和监督，以及小水电代燃料工作的组织和管理。
技术进步与培训：司推动农村水电行业的技术进步，提供技术培训，并负责全国农村水能资源开发和水利系统综合利用枢纽电站的统计工作。
其他事项：最后，司还承担部领导交办的其他重要任务。