自2000年以来，河海大学研究生院在科研领域取得了显著成就，累计荣获三百多项科研成果奖项。这些成果在理论研究上实现了重大突破，展现出国际一流的科研实力和领先地位。
研究生院始终把提升研究生教育质量视为工作的核心任务，坚持以人为本，注重培养具有创新精神和实践能力的研究生。该校积极投入建设，长江黄河研究生培养基地和西部研究生培养基地成功获批为国家研究生创新中心，进一步强化了研究生教育的创新能力和区域影响力。
学校研究生教育始于50年代，是国家首批招收博、硕士生的单位和全国最早开展研究生教育的学校之一。学校现有1个一级学科国家重点学科（水利工程），7个二级学科国家重点学科，9个省级重点学科；9个国家级以及省部级重点实验室、6个国家级以及省部级工程研究中心；7个博士后流动站；38个博士点，124个硕士点，18个工程硕士专业学位领域及工商管理硕士（MBA）专业学位授权点和15个高等学校教师专业硕士学位授权点。现有博士生导师139人，硕士生导师498人，中国科学院院士、中国工程院院士12人（含双聘院士）。