应该是不会有影响的。如果没有参加军训的话应该在组织军训的时候，老师就会询问原因等等了，因为个人身体原因没有参加军训是可以的。
而且填报高考报名的时候，如果真的有影响老师也会直接跟你约谈的，
其实档案这个东西老师也是很慎重的，轻易不会去记一些不好的东西进去。
所以只要解释好原因，那么老师多半会放你一马（其实可能根本就没有影响，高考报名也没有填报这一项……）
如果实在是放心不下，建议可以直接去询问老师，毕竟老师教书那么多年也有经验了，而且老师肯定是希望自己的学生能够顺利参加高考的，所以他们应该会帮助你的。
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