农业银行对于同城同行和同城跨行的转账（非加急业务）只收取1元/笔的交易费；工行同城业务每笔收取0.8元，同城跨行按每笔1元收取；广东发展银行对于同城同行暂不收取手续费，对于同城跨行的汇款有一定的优惠措施。民生银行同城同行汇款免费，异地同行汇款按央行电子汇划标准八折执行。平安银行企业网银普及版收费手续费全免。
对于异地电子汇划业务的收费，国家计委、中国人民银行在2001年的时候就发布了《关于制定电子汇划收费标准的通知》（计价格[2001]791号），严格规定了银行电子划汇收费标准。银行电子汇划收费标准为：
汇划金额 汇划费 手续费
1万元（含）以下 5元/笔 0.5元/笔
1万元--10万元 10元/笔 0.5元/笔
10万元--50万元 15元/笔 0.5元/笔
50万元--100万元 20元/笔 0.5元/笔
100万以上 按金额的0.02‰,最高不超过200元 0.5元/笔
保证在2小时内资金到账的加急即时业务，以上述规定收费标准为基数加收30%，手续费为0.5元/笔
当前企业网上银行已经成为银行争夺客户的主要渠道，为了扩大市场份额，不少银行纷纷对企业网上银行转帐业务的费用进行了优惠。特别是一些地区性的小银行，如杭州银行的跨行转账的汇划费的优惠幅度达到了50%，仅为央行标准的一半。华夏银行企业网银转账汇款实行3-8折优惠。另外规模较大的银行也对企业网上银行的费率进行了打折，但优惠幅度不如小型银行来的大。例如，中国银行对中行系统内人民币跨省转账、国内人民币跨行汇款交易电子汇划费给予七五折优惠；对中行系统内外币跨省转账交易手续费和邮电费给予七五折优惠。工商银行近期开展了主题为“点e成金 网聚财富”的中小企业网上银行专项服务活动。在此期间，广大中小企业客户开办和使用工商银行企业网银将享受到更多的优惠和更优质的服务，如开户馈赠、体验有礼、交易有奖、余额变动提醒业务开通有奖、网上银行转账汇款手续费八折等优惠。总的来说，比起柜台收费网上银行的费用更为优惠。
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