食用菌病虫害防治工作与农作物病虫害防治一样，也应贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针。因为食用菌生长发育所需要的环境条件，也非常适宜于食用菌病虫害的发生与发展，病虫害一旦发生，其发展蔓延的速度往往是很快的，并难以控制。尤其是侵染性病害，其病原生物与食用菌一样，同样是微生物，防治工作就更困难。发生病虫害后即使能及时采取措施加以控制，也已不同程度地影响了产量和品质，还多费工时，增加成本。所以发病前采取各种措施，预防病虫害的发生，可以收到事半功倍的效果。另一方面，食用菌病虫害的防治措施，都有其局限性，单独采取任何一种方法，均难以有效地解决病虫害危害问题，需要根据具体情况采取各种措施间的补充和协调，以期收到最好的防治效果。因此，防治食用菌病虫害必须坚决贯彻“预防为主，综合防治”的方针。
防治食用菌病虫害主要从以下几方面入手：
第一，选用优良菌种。目前国内杏鲍菇、阿魏菇菌种来源不同，种间差异也较大，要选用已大面积栽培的品种。新引进的品种，未经试验，不要大面积栽培。
第二，用最佳配方生产二级种。最好用小麦、高粱、玉米生产二级种，用棉籽皮次之，一般不要用锯末生产二级种。同时要合理安排制种时间。老化菌种，菌丝不健壮、不纯、带有杂菌的菌种一律不准使用。
第三，选用优质、无霉变的栽培材料，并进行严格的灭菌杀虫。
第四，搞好栽培场所的环境卫生。对周围环境要进行彻底的灭菌、杀虫，以杜绝虫源、菌源。
第五，科学管理，创造适宜的温、湿度及通风条件，使环境条件有利于食用菌菌丝的生长发育，而不利于病虫害的发生和蔓延。
第六，在栽培管理过程中，要认真检查，一旦发现病虫害，就应及时采取各种有效措施，防止病虫害蔓延。