东南大学不是C9院校。
九校联盟（C9），包括北京大学、清华大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国科学技术大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学共9所高校。
九校联盟作为高校学术联盟，旨在人才培养、科学研究等领域加强合作与交流，优势互补。九校联盟同其他著名国家级高校联盟，如英国罗素大学集团、日本学术研究恳谈会（RU11）、德国U15大学联盟、加拿大U15研究型大学联盟、澳大利亚八校联盟等均保持良好合作关系。联盟成立后展开了多项实质性活动，如互派交换生、召开研讨会、开展暑期夏令营等 。
历史渊源：
该大学联盟源于985工程中9校的“一流大学建设系列研讨会”。985工程是1998年5月开始的一项系统工程，旨在重点支持中国大陆的一批高校优先发展，成为世界知名的大学。985工程首批选定了9所大学作为重点支持，目标是“创建世界一流大学”；随后，985工程又先后增加了30所大学，总数达到39所，后增加的30所定位为“创建世界知名高水平大学”。
2003年，首批进入985工程的9所大学校长召开了首届“一流大学建设系列研讨会”，此后会议固定下来，每年召开一届。
在2009年，第七届研讨会最重要的议题就是建立“C9联盟”，旨在共享资源，加速发展。9所大学校领导共同签署了《一流大学人才培养合作与交流协议书》。
2014年11月7日，中国科学院大学（简称国科大）正式参与C9联盟活动。
以上内容参考：百度百科-九校联盟
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