互助县扶贫开发局设有多个功能性的内设机构，以确保工作的高效执行和全面覆盖。
综合股作为办公室的核心，负责内外协调和督办工作，包括制定并执行工作计划，处理文件收发，组织调查研究，进行信息宣传和报道。他们负责办公室的档案管理、保密工作，以及党建、精神文明、工青妇等事务，同时负责会务和接待等后勤保障。
项目股专注于扶贫项目的管理工作，负责整村推进和产业化扶贫项目的储备、审核、申报，以及项目文本编制。他们研究并提出资金管理方案，指导项目实施和验收，同时培育和扶持产业化扶贫龙头企业。
财务股承担着资金监管的重要职责，管理各类扶贫项目专项资金和办公室经费，监督项目资金执行，审计资金使用，确保资金规范使用，并处理违规违纪问题，配合审计和监察部门的工作。
社会股则负责协调各级机关和企事业单位的定点帮扶，以及干部和技术人员的联户扶贫工作，推动社会各界参与扶贫济困，并负责劳动力培训和实用技术培训。
异地股主要负责小规模异地调庄扶贫项目的相关工作，包括项目储备、审核、申报和验收，确保这些项目的顺利进行。
最后，统计信息股负责全县扶贫开发的调查研究，进行统计监测，进行贫困人口的调查摸底和建档立卡，为扶贫决策提供数据支持。