证券公司的财务制度在第十一章中详细规定了附则内容。
首先，第九十三条强调，自本制度实施之日起，如果与先前财政机关或其他部门制定的规章制度存在冲突，应以本制度为准，确保了制度的权威性。
第九十四条规定，制度的修订和解释权归属于财政部，这保证了制度的统一性和稳定性，确保了在实施过程中有明确的指导和解释依据。
第九十五条规定，公司可以根据本制度的框架，结合自身的实际情况，制定符合公司需求的内部财务管理办法。在实施这些内部规定时，公司需要将相关办法报备给主管财政机关，以确保其合规性。
最后，第九十六条规定了本制度的生效日期，即自2000年1月1日起开始实施，这为制度的执行设定了明确的时间节点。
证券公司的财务行为，维护所有者和债权人的合法权益，促进证券公司公平竞争和证券市场的键康发展，按照分业经营、分业管理的原则，现印发《证券公司财务制度》，请遵照执行。执行中有何问题，及时函告我部。目前兼营证券业务的信托投资公司，其证券业务的核算遵照本制度执行。 以使证券公司会计人员、注册会计师、证券从业人员、证券监管部门及各类经济院校师生更准确地理解、掌握和有效地运用《金融企业会计制度：证券公司会计科目和会计报表》。