南京航空航天大学更好一点。
一、办学历史差异
1、南京理工：学校由创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）分建而成，经历了炮兵工程学院、华东工程学院、华东工学院等发展阶段，1993年更名为南京理工大学。
2、南航：学校前身是1952年10月创建的南京航空工业专科学校，是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一；1978年，被国务院确定为全国重点大学。
3、武汉理工：武汉理工大学办学源头起源于1898年湖广总督张之洞奏请清政府创办的湖北工艺学堂，2000年5月27日由原武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学合并组建。
二、师资力量差异
1、南京理工：南京理工大学有教职工3200余人，专任教师2000余人，教授、副教授1200余人，其中，两院院士20人。
2、南航：学校有教职工3131人，其中专任教师1845人。专任教师中，高级职称1260人，博士生导师516人，院士及双聘院士11人，杰出青年基金获得者8人。
3、武汉理工：学校共有教职工5419人，其中专任教师3255人，中国科学院院士1人，中国工程院院士4人，欧洲科学院院士3人，澳大利亚工程院院士1人。
三、教学建设差异
1、南京理工：学校设有国家级实验教学示范中心2个，共10门课程获选为国家级精品课程。
2、南航：学校有国家级精品课程11门，国家精品视频公开课建设项目6个，10门国家精品在线开放课程，国家级人才培养模式创新实验区2个。
3、武汉理工：学校拥有国家特色专业15个、卓越工程师教育培养计划试点专业28个、国家综合改革试点专业4个、国家战略性新兴产业专业2个。
以上内容参考百度百科——南京理工
以上内容参考百度百科——南航
以上内容参考百度百科——武汉理工
武汉理工的综合实力更强，下面从多角度进行三者的分析对比：
一、师资力量
1、南京理工：南京理工大学有教职工3200余人，专任教师2000余人，教授、副教授1200余人。
2、南航：学校有教职工3131人，其中专任教师1845人。专任教师中，高级职称1260人，博士生导师516人，院士及双聘院士11人，杰出青年基金获得者8人，全国教学名师4人。
3、武汉理工：学校共有教职工5419人，其中专任教师3255人，中国科学院院士1人，中国工程院院士4人，欧洲科学院院士3人，澳大利亚工程院院士1人，世界陶瓷科学院院士1人。
二、院系专业
1、南京理工：经济管理学院、能源与动力工程学院、自动化学院、理学院、外国语学院、公共事务学院、马克思主义学院、材料科学与工程学院/格莱特研究院、环境与生物工程学院、设计艺术与传媒学院、知识产权学院等15个专业学院。
2、南航：学校设有18个学院，有本科专业62个。
3、武汉理工：学校设有25个学院（部）、本科专业96个。
三、学科建设
1、南京理工：学校拥有国家重点学科9个，江苏省优势学科6个，江苏省重点学科9个，工信部重点学科9个。
2、南航：学校有国家级精品课程11门，国家精品视频公开课建设项目6个，10门国家精品在线开放课程，国家级人才培养模式创新实验区2个。
3、武汉理工：学校拥有博士后科研流动站17个。
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