事业单位在编职工辞职按照《全民所有制事业单位专业技术人员和管理人员辞职暂行规定》（人调发〔1990〕19号）等相关规定办理。首先是在编职工向所在单位或主管部门提出辞职书面申请；
所在单位或主管部门收到辞职书面申请后，一般应在三个月内，给予书面批复，对批复同意的发给辞职者本人辞职证明书。
事业单位在编职工与所在单位订有聘用合同的人员，其辞职按照聘用合同的有关规定办理。辞职经批复同意后，辞职其本人协助用人单位办理档案托管、社保等相应的人事手续。
事业单位在编人员辞职后，单位应办理档案转移手续，辞职人员凭相关手续去当地人才市场或其他档案管理机构开具“调档函”，凭“调档函”去原单位转调档案到人才流动服务机构管理。