1992年，在整合21个核心单位的基础上，同仁堂集团公司正式诞生，至今已发展成为拥有10家公司（包括两家上市公司）、两个生产基地、两院（同仁堂研究院、同仁堂中医医院）、两中心（同仁堂信息中心、同仁堂培训中心）的大型国企，横跨现代制药业、零售药业和医疗服务三大板块，员工人数超过2万人。
鲜为人知的是，同仁堂的职工身份构成情况相当复杂。既有全民所有制的员工，也有集体所有制身份的员工，更多的是在发展中新招聘的合同制员工，形成了新老用人机制并存、薪酬待遇差等的格局。与此同时，中医的整体大环境不断恶化，“不为良相，便为良医”的社会基础早已荡然无存，甚至出现了“废除中医”的呼吁；而同仁堂近年来年轻员工数量飞速增长，同时又不断进入新的领域，比如2008年底正式对外营业的同仁堂中医医院，更加剧了管理的难度和复杂性。
面对上述情况，同仁堂紧紧抓住“人尽其才”这一主线，强调用人机制不同，但发展机会、管理标准、考核机制相同。干部任用不看出身，实行“海选”，在人员管理方面做到了干部管理标准、职工岗位要求和执行制度标准三统一，逐步缩小两种体制员工在工资增长方面的差距。
在解决制度问题的同时，同仁堂深知品牌文化是企业之魂，是打造合格员工的重中之重，通过强调文化认同入手，将资历背景各异、行业分工不同的数万员工紧密团结在一起。
凡是走进同仁堂的员工，无论学历、职称、专业技术水平有多高，必须统一接受集团公司对企业文化、企业发展史等基本知识的培训，使之尽快融入到企业中来。对于基层工作岗位，同仁堂侧重通过校园招聘进行选拔，新员工必须在生产车间工作一年以上，再从中物色合格人才，提拔到各个岗位。
与此同时，同仁堂积极为员工建立一个明确的上升通道，放手向认同企业文化、工作积极努力的年轻员工授权。以同仁堂旗下的健康药业为例，公司规定在一线工作2年以上，绩效优异、执行力强、具有奉献精神的员工均有机会成为储备店长。成为储备店长之后的考核非常严格，首先要经过人力资源部组织的店长培训并通过考核，之后在门店进行为期一年的实习，实习期间由区域经理、管理中心分别进行月度、季度考核，实习期通过考核后才能正式任命为店长，强调宽进严出。
这一举措收到了良好效果。2005年成都店开业时，超过2/3的员工都是成都中医药大学的应届本专科毕业生，等到2009年，此前担任营业员、调剂员、导医岗位的他们已经全部成长为店长、大堂经理等层级的管理者。如今，健康药业管理层平均年龄不足35岁，而且80%是由公司内部培养的，现有门店经理的平均年龄不足30岁，最年轻的店长仅23岁，100%通过内部选拔任命。
在进入新兴行业时，同仁堂更是充分发挥品牌优势，利用企业文化来凝聚人心。2008年，同仁堂中医医院建院，在面向全国进行招聘时，集团高层相当忐忑，因为毕竟隔行如隔山，而且同仁堂在薪资待遇方面的竞争力并不明显，但招聘反响之好超出所有人预料，报名人数接近三千，先后有70多名国家级、省市级的知名中医专家欣然受聘，充分体现了同仁堂品牌在社会上的影响力、同仁堂企业文化在行业内的认同度。
“管理方面的任何改变和创新，都只能在一个灵活而开放的文化环境中发生和发展，否则将极大地限制领导力技能的培养和发挥。”同仁堂宣传部长姜晓东认为，企业总是面临着不断变化的竞争环境，但优秀的企业文化则能使其“以不变应万变”。
