食品加工小作坊需要办理的证件：
1、工商营业执照：到所在地工商行政管理局（所）办理工商营业执照。
2、健康肢衡证：到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证。
3、食品流通许可证：需带上身份证及复印件、健康证、房屋产权证（或租房合同）等资料到所在地食品药品监督管理局（所）办理。
4、食品生产加工小作坊许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。
【法律依据】
《中华人民共和国扮碰工业产品生产许可证管理条例 》第九条企业取得生产许可证，应当符合下列条件：
（一）有营业执照。
（二）有与所生产产品相适应的专业技术人员。
（历缺做三）有与所生产产品相适应的生产条件和检验检疫手段。
（四）有与所生产产品相适应的技术文件和工艺文件。
（五）有健全有效的质量管理制度和责任制度。
（六）产品符合有关国家标准、行业标准以及保障人体健康和人身、财产安全的要求。
（七）符合国家产业政策的规定，不存在国家明令淘汰和禁止投资建设的落后工艺、高耗能、污染环境、浪费资源的情况。
法律、行政法规有其他规定的，还应当符合其规定。
一、小作坊食品生产许可证办理流程如下:
1、申请。申请人在相关政务系统中填报申请资料;
2、受理。对申请资料进行审查,对符合要求的出具受理通知书;
3、审核。受理后,由许可审查中心人员上门进行资料和现场审核;
4、审批。依据审核结果作出准予行政许可的审批决定;
5、发证。核发食品生产许可证,并全网公示许可信息。
二、办理食品生产许可证所需的证件如下:
1、申请书;
2、申请人的身份证复印件;
3、工商营业执照复印件;
4、工商营业执照,到所在地工商行政管理局办理工商营业执照;
5、健康证,到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证;
6、食品流通许可证,需带上身份证及复印件、健康证、房屋产权证等资料到所在地食品药品监督管理局办理食品流通许可证;
7、食品生产加工小作坊许可证,到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。
三、办理食品生产经营许可证需要以下条件:
1、有独立的生产加工场所,场所面积与生产加工能力相适应,布局符合工艺流程要求;
2、生产场所应当清洁卫生;
3、具备与生产加工食品品种相适应的设施设备,上、下水通畅,有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫和洗涤以及必要存放垃圾和废弃物的设备设施;
4、生产区与生活区有效隔离,防止待加工食品与食品原料、成品及直接入口食品交叉污染,避免食品接触有毒、有害物品或者不洁物品;
5、地面应用无毒、防滑的硬质材料铺设,无裂缝,排水状况良好;墙壁应当使用浅色无毒材料覆涂;房顶应无灰尘;生产场所内的厕所应为水冲式;
6、具备法律、法规和食品安全标准规定的其他条件。
四、小作坊食品加工许可证办理的困难
1、生产场地:取食品生产许可证对生产场地的选址,工艺流程,要求人流物流要分开。
防止交叉污染,配备消毒设备,通风系统,采光等都有严格要求。
2、生产人员:食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗,所以需要企业自己去培训化验员。
3、设备设施:取证有明确的生产设备和检测设备要求,而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担。
综上所述,小作坊食品生产许可证的办理流程大致是申请、受理、审核、审批、发证。食品生产许可证通常10个工作日内办理完成,如果自身不懂办理资料如何填写规范或者没有时间办理,可以找代办公司全权代办。
申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办个体工商户的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。检验合格的样品后，质监局就会发放食品生产许可证。
法律依据：《食品生产许可管理办法》第十条 申请食品生产许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。
企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户、农民专业合作组织等，以营业执照载明的主体作为申请人。
《食品生产许可管理办法》第十二条 申请食品生产许可，应当符合下列条件：
（一）具有与生产的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，保持该场所环境整洁，并与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离；
（二）具有与生产的食品品种、数量相适应的生产设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；保健食品生产工艺有原料提取、纯化等前处理工序的，需要具备与生产的品种、数量相适应的原料前处理设备或者设施；
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