温岭市妇幼保健院设有临床部和保健部，保健部包括妇女保健、儿童保健、托幼卫生、健康教育和信息资料等多个科室。这些科室致力于全市妇幼保健业务技术的指导和培训，提供全方位的妇儿健康服务，如妇保门诊、产科门诊和儿保门诊的常规检查，以及新生儿疾病筛查中心的专业服务。
针对不同人群的需求，保健部设有婴幼儿游泳抚触和孕产妇保健体操项目，特别是一层设立的VIP母婴康复中心，以温馨舒适的环境，满足高端人群的特殊需求。特色专科在学科领域具有显著优势，专业特色鲜明，深受业界和患者的好评。
临床部的核心科室包括妇科、产科、新生儿科和儿科，涵盖了妇女、儿童及新生儿的常见病和疑难病诊治。儿科在新生儿换血疗法方面处于领先地位，妇科则提供各种肿瘤手术和微创治疗，产科则创新性地开展会阴侧切皮内缝合术等先进手术，无痛人流和无痛分娩也广受欢迎。特检科更是率先引进三维彩超、电子阴道镜和乳透仪等高端设备，进行染色体医学遗传检查。
医院在不孕不育症和宫颈疾病的治疗上取得了显著成果，产科被评为市重点学科，儿科和妇科为院内重点学科。内科、男性科、泌尿外科、乳腺外科等科室近年来也发展迅速，科研工作成果斐然，为市民提供了更全面、专业的医疗服务。
温岭市妇幼保健院组建于1997年3月，其前身为创建于1953年的妇幼保健站(所)，是一所集医疗、保健、预防、科研、公共卫生管理于一体的非营利性专科医院。通过近13年的艰苦跋涉、创新改革，于2006年11月实施新院搬迁，目前医院占地36亩。2007年1月成为浙江大学医学院附属妇产科医院温岭合作医院，同时经批准挂牌“温岭市妇女儿童医院”。