五线谱和简谱同为音高记谱法，但有着本质上的差异，其主要区别体现在如下各方面：
一、从形式上讲，五线谱属于图表记谱系统，数字简谱属于字符记谱系统。
五线谱的核心记谱系统，由音符与谱表构成，音符本身只表示时值，不表示音高，只有和谱表结合在一起，才能表达乐音的音高。五线谱的谱表，好比是一个平面坐标系，由五线、谱号、调号及拍号构成基本的谱表系统，五线的纵向表示音高的变化，横向表示时间的先后。谱号表达记谱标准音高的位置，好比平面坐标系中的原点。调号由升号或降号构成，系恒变音符号，通过变化音来表达记谱调性；拍号则表示曲调的节拍。五线谱根据音符标注在五线的位置，以及谱号和调号，来确定具体的音高。
数字简谱由数字符号（音符）来表达音高，不需要图表的配合。单一的数字音符，时值默认为四分音符，其他时值，则通过延时符和减时符来表示。
二、五线谱和数字简谱虽然同是音高记谱法，但二者表达的音高意义不同：
五线谱属于固定音高记谱，即音符在特定位置，总与特定的音高相对应，不会虽调性变化而改变；
数字简谱则是相对音高，通常按首调音高记谱，即数字音符与相应的自然大音阶的自然音级相对应，1表示为自然大音阶的第一音级，2表示为第二音级，3表示为第三音级……每个音符的确切音高，需要加以明确，同时，也明确了记谱的调性。故数字简谱的调号通常是设定1的确切音高，比如1=C，1=D之类。即各个音符的实际音高随调性变化而变化。
三、在记谱的便捷性与充分性上，二者各有优势：
五线谱是目前世界上，相对而言最为完善的记谱法，可以表达各种不同类型的音乐作品，小到声乐小品，大到复杂的交响乐，以及目前所有器乐的记谱，都可以用五线谱来完成；但相对而言，五线谱记谱需要预制谱表，且为绝对音高记谱，故对于现场听音记谱多有不便；
数字简谱，相对而言是手书很方便，而且表达的是相对音高，对于创作过程（尤其是歌曲创作）中撰写旋律草稿，或是现场记录主要的音乐旋律是很方便的；但对于复杂的多声部音乐的记谱则十分困难。
四、直观性各有侧重：
五线谱以图标方式记录音乐曲调，音符在五线谱的高低位置一目了然，可以直观地勾勒出曲调的旋律线以及和声形态，同时，由于是固定音高记谱，特定位置的音符，在乐器上也有固定对应的音位，相对而言，于器乐演奏具有极大的便利；但如果在声乐中采用首调唱名唱谱，则需要对音高上的唱名变化，具有一定的熟练程度；
数字简谱则通过数字符号，直接与唱名相对应，且又是相对音高记谱，彼此间音程关系一目了然，对于声乐歌唱的视谱（尤其是首调唱名法），具有很高的便利性；但对于器乐而言，则需要对调性转换中的音符的音高变化具有较高的熟练性。
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