学校管理的理论基础分为以下几点：
一、系统方法论基础
系统科学是马克思主义唯物辩证法在现代的丰富和发展，它为人们研究和处理现代复杂的社会系统提供了一种崭新的思维方式，为学校管理学科建设提供了一般科学方法论基础。
按照系统科学观点，我们面临的一切研究对象都是系统或处于定系统之中的组成部分，因此，人们观察处理一切问题的基本方法也应该是系统方法，在管理上则是系统管理方法。人们依据客观事物所具有的系统特征，提出一系列管理原则和方法模式，即是把管理看作个具有远近高低的层次和深广内外联系的系统，用立体的整体透视的方法来研究把握系统的要素、空间结构及其内在相互联系，从而揭示出事物的整体性质，以追求整体功能的充分发挥。
二、教育学理论
教育学是研究教育现象，旨在揭示教育规律、论证教育原理和说明教育方法、指导教育实践的科学，是学校管理行为的理论依据。学校管理者要办好学校，不懂得教育规律是很困难的。这是由于学校管理的对象、目的、过程，乃至原则和方法等，都是由学校教育教学的性质和特点决定的，是为有效地实现教育目标服务的。因此，学校管理研究的对象及其规律的揭示，很大程度上是受着教育规律制约的，管理者要在教育理论所揭示的一般原理和规律的指导下组织好学校的教育教学工作，建设好教师队伍，总结典型经验，揭示特殊规律，实现教育思想的领导。
教育学理论是实现学校科学管理和学校管理学科建设与发展的理论支柱之一。
三、心理学理论
心理学是研究人们心理现象及其变化规律的科学。既是教育者实施教育行为的理论依据，也是管理者实施管理行为的理论依据。管理主要是对人的管理，人的心理变化特点和规律是进行有效管理的前提和基础条件，如若不了解人在不同的年龄阶所具有的不同特点，也不知道人在特定条件下所必然产生的心理需求，便不能进行有针对性和有目的的管理。因此，无论是学校管理活动本身，还是学校管理理论的建设，都离不开心理学理论的支持。
所以，心理学同样是学校管理及其学科建设立于科学基础之上的支柱性理论之一。
四、管理学理论
管理学理论是一门综合性的大学科，其中涉及的一些基本原理，诸如，人本原理、系统原理、动力原理、整分合原理、反馈原理、弹性原理、能级原理等等，都是对人类管理活动中已经认识到的一般规律的抽象概括，对学校管理同样适用。学校管理作为管理学中的一个分支学科，其与管理学的一般原理是个性与共性、特殊与一般的关系。因此，学校管理学科的建设离不开管理一般原理的指导。诚然，学校管理者要懂得教育规律，只有当管理工作符合教育规律时，才会真正产生积极的效应；但是，仅仅懂得教育规律，而不懂得管理规律，同样不能使管理工作收到积极的效果。
现代管理理论中有一个影响很大的理论叫行为科学，是专门研究人的行为产生、发展和变化规律的。包括领导行为、群体行为、个体行为等；它以人性假设作为某种管理理论的出发点；其核心部分是激励理论，主要有层次需要理论、行为改造理论、过程分析理论等；通过对群体的不同类型、特点、作用及其相互关系的研究，提出群体行为管理的依据，在领导行为的研究中，涉及到领导者素质、领导风格、领导班子的组合、领导干部的培训等多方面问题，这些无疑对学校管理有重要的参考价值。
管理学理论是学校管理学科最直接的理论基础。