税收情报交换在实际操作中面临诸多问题，首要问题在于程序繁琐和时间跨度长。现行机制要求信息需经市级、省级和国家级税务部门多层协调，导致情报交换周期长达1-2年，无法及时响应流动性强的承包工程或劳务的税收需求。这使得基层税务机关在执行时面临困境，可能因顾虑而放弃对偷漏税嫌疑较小问题的情报交换，无形中纵容了违法行为。
缺乏具体操作指南也是难题，虽然总局在2006年发布了《税收情报交换管理规程》，但其详细注释和操作规程并不完善，使得基层税务部门在实际操作中缺乏明确的规范依据，执行上缺乏系统性和可操作性。
征纳双方在涉税信息的占有上存在不平衡。由于税务机关难以跨国调查，缺乏定期信息交换，导致对转让定价等避税手法的防范困难，对涉税信息的掌握不足，制约了税收管理工作的有效进行。
对情报交换的认知误区也影响了工作的推进。一方面，有人担忧过于严格的监管会损害税企关系，另一方面，有人误解情报交换意味着税务管理漏洞，这种误解降低了税务部门的情报交换积极性。
税务人员素质与情报交换工作要求不匹配，缺乏反避税经验和专业技能，影响了情报的质量。为改进现状，提出以下建议：