1、投资主体不同。一人有限责任公司的投资主体可以是自然人，也可以是法人；个人独资企业的投资主体只能是自然人。2、法律形式不同。一人有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格；而个人独资企业属于非法人组织，不具有法人资格。一人有限责任公司的名称应该带有“有限责任公司”字样，而个人独资企业的名称则不能称公司。3、设立条件不同。一人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币10万元，股东应当一次足额缴纳公司章程规定的出资额；个人独资企业的设立并没有法定注册资本最低限额的限制。另外，一人有限责任公司的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的30%。而个人独资企业对出资形式未作出任何强制性规定。4、税收征缴规定不同。
企业的法律地位不同。个人独资企业的投资人为一个自然人，财产也为该投资人所有，投资人对企业债务承担无限责任，故其不具有法人资格；优先责任公司和股份有限公司对公司承担有限责任，是企业法人，具有法人资格。
企业设立的注册资本的要求不同。我国个人独资企业法中对个人独资企业的最低注册资本并未作规定，也没有规定最高限额；公司法中却明确地规定了优先责任公司的股东出资必须达到法定资本最低限额，法定资本最低限额按其类别和经营方式不同，可以分别是10万元、30万元、50万元，股份有限公司注册资本的最低限额为1000万元。
投资人的人数和主体身份不同。个人独资企业的投资人是一个人，而且是自然人；而公司中的有限责任公司的投资人（股东）为2人以上50以下，股份有限公司的投资人（股东）则不得少于5人，投资人可以使自然人也可以是法人。
企业事务管理的组织机构不同。个人独资企业投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或聘用其他具有民事行为能力的人负责企业的事务管理，也即投资者可以自认企业的厂长、经历，管理企业事务，也可以聘用其他人员挂美丽企业事务；有限责任公司和股份有限公司则要求要有完整的企业法人组织机构，它主要设有股东（大）会、董事会（或董事）、监事会（或监事）、经理等几个部分。
投资人承担债务的责任形式不同。个人独资企业投资人的投资与个人财产是不分离的，故其承担的是无限责任；而有限责任公司和股份有限责任公司的股东仅以其出资额或其所持股份为限对公司债务承担有限责任。