海岛奇兵中建筑主要分为三大类：经济类设施、支持类设施、防御类设施，还有司令部、神像和原型防御设施这些特殊的建筑。
其中司令部是基地的神经中枢，升级司令部可以解锁新的建筑和兵种，如果玩家的司令部被摧毁，敌军将赢得战斗胜利，掠夺资源，如果玩家岛上的其他建筑被敌军摧毁，玩家的司令部也会相应受损。
神像是一种特殊的建筑，可以加成部队和建筑的属性，还能增加各类资源的获得量和获得几率。
原型防御设施则是一种有存在时间限制的防御类设施，不同的地方在于解锁条件和建造方式。 种类建筑描述经济类设施民房、金库、保险库、锯木厂、木材库、采石场、石材库、铁矿、钢材库游戏中的经济类设施可以帮助玩家获得和存储资源，其中保险库更是可以帮助玩家减少基地被攻破后资源的损失量。支持类设施战舰、登陆艇、雷达、研究所、神庙、潜水艇、武器实验室、神像仓库支持类设施是游戏中最重要的一类设施，进攻、防御和发展都需要运用到这一类设施，因此也是玩家各阶段需要优先升级的设施。 防御类设施狙击塔、重机枪、追击炮、加农炮、火焰喷射器、巨型加农炮、火箭发射器、震爆火箭炮、地雷、高爆地雷、震爆地雷 游戏中的防御类设施主要用于防御敌人的进攻，各类防御设施可以组合出各类防御阵型，可以应对敌人不同部队的进攻。原型防御设施震爆器、激光、伤害放大器、毁灭加农炮、护盾发生器玩家司令部达到15级后可以建造武器实验室，玩家可以通过进攻岛屿和防御哈莫曼的反击来获得的原型模块，原型模块可以作为材料在武器实验室，生产出原型防御设施。 神像生命神像、寒冰神像、熔岩神像、暗黑神像当玩家的司令部达到5级时便可解锁神庙，通过神庙就可以建造神像。在建造神像之前需要收集足够的水晶。 在海岛奇兵中，玩家会遇到两种类型的对手：其他玩家（PVP玩家——被称为黑暗卫队雇佣兵）和电脑控制的对手（NPC岛屿——被称为黑暗卫队）。
玩家对手匹配系统以奖牌数作为选择标准，对手是从拥有相似奖牌的玩家中选出来的，以适合玩家的挑战等级。玩家的经验等级与司令部等级与对手匹配系统无关，这同样适用于资源岛对手的对手匹配。
另一方面，电脑控制的岛屿被玩家击败的次数越多，其难度只会变得更高，但奖励也会更丰厚。 入侵（匹配）机制 每隔19分钟，系统将会根据刷新几率来决定玩家是否会获得新的岛屿入侵。每一次入侵失败后，系统将会累积增加玩家下一次获得新的入侵几率。 当玩家地图上的PVP玩家岛屿和NPC岛屿都已被玩家解放时，玩家获得的新入侵岛屿的几率将是最高的。但是每当玩家获得一个新的成功入侵，玩家下次获得入侵的几率会随之降低。如果地图上可攻击岛屿的数量达到了入侵上限，玩家将不会获得新的入侵。此外，如果玩家地图上的NPC岛屿数量很多，那么下一次玩家入侵岛屿的几率会相对高一些。 因此，使玩家的基地处于活跃状态以及解放更多的岛屿都会增加玩家岛屿入侵的几率。 另外，在雷达信息界面，玩家可以看到下一次入侵的时间和玩家成功获得入侵的几率。 每个不同的雷达等级将会对应一个入侵上限。这意味着如果玩家的地图上有足够多的可攻击岛屿（NPC和玩家岛屿），系统将不会派出新的入侵。 *入侵上限包括：玩家岛屿和NPC岛屿 *入侵上限不包括：资源岛、哈莫曼司令部和恐怖博士岛 雷达等级于岛屿入侵上限的关系（雷达等级→入侵上限）：1→2，2→5，3→7，4→9，5→11，6→13，7→15，8→17，9→19，10→21，11→23，12→24，13→26，14→27，15→28，16→30，17→31，18→32，19→33，20→34。 资源岛争夺 当玩家将雷达升级到一定的级别，探索更为广阔的海疆时，将有可能发现资源岛。当玩家占领资源岛后，就可以通过资源船从资源岛获取相应的资源。然而，其他玩家也会争夺该资源岛，每当资源岛易主，岛上的部分防御将会自动升级，而岛上的资源生产建筑则不会升级。玩家不能主动升级资源岛上的建筑，但是玩家可以重新布置资源岛上防御武器的布局。由于资源岛能够持续不断地向玩家提供资源，因此对资源岛的争夺也是残酷的。当玩家发现无法攻占一个资源岛时，玩家可以耐心等待，直到地图上资源岛图标的右侧出现“！”图标，玩家就可以点击资源岛，然后选择“更换对手”，从而找到一个可能较为简单的对手。 每日事件
每日事件将从每天清晨开始，至次日凌晨结束，持续21小时，6天一个轮回。事件出现和结束的时间，会因玩家所在地的时区而有些许差异。事件出场顺序：第一天恐怖岛屿（需击败10级哈莫曼的司令部），第二天恐怖火山（需击败20级哈莫曼的司令部），第三天吉尔哈特上校（需击败45级哈莫曼），第四天恐怖岛屿，第五天恐怖火山，第六天哈莫曼的反击（需建造武器实验室），之后以此类推。
特殊事件（超级螃蟹）
序号预告黑影出现日期 事件出现时间
（东八区） 持续时间结束时间攻击次数储存上限每次攻击次数刷新时间12015年12月24日2016年1月15日18时7天2016年1月22日7次3小时22016年3月22日 2016年3月25日16时3天2016年3月28日8次2.5小时当玩家的司令部等级达到7级或以上，在活动日期内就会出现超级螃蟹事件。它的阶段是没有上限的，但是进攻是有次数限制的，玩家刚开始可以获得3次攻击次数，胜利即可获得额外的攻击次数。超级螃蟹事件可以掉落资源、水晶、原型模块、钻石和能量粉末。超级螃蟹排行榜会显示本地、特遣队和好友排行榜情况。超级螃蟹排行榜中显示着每一位玩家已清除的阶段数量以及现有阶段的进展情况。 在第二次超级螃蟹活动中，会有冷冻炸弹。冷冻炸弹在爆炸时会产生一层冰晶，冻结范围内的所有建筑，受到影响的防御建筑其伤害值会大打折扣；但冷冻炸弹不仅能作用于建筑物，还会影响到范围内的友军，降低他们的移动速度和攻击伤害。
特遣任务
玩家加入特遣队，可以发动团队行动反击黑暗卫队。特遣队在司令部6级解锁，玩家可自行组队，或者加入已组好的部队。特遣队根据人数分为四种规模：5人、10人、25人、50人。组队前，必须选择好相应的规模。无须担心，后期也可升级至更强大的规模。请记住，每周只能组建一支特遣队。另外，特遣队队名设定后不可更改，请谨慎取名，但是部队描述是可以更改的哦。部队的徽章可以在编辑栏创建和编辑。 特遣队可以设置为任何人可以加入、需要批准或不接受任何人。设置为不接受任何人时，其他玩家无法发送加入请求。在编辑页面，也可以设置加入者的最低奖牌数要求。这样可以确保申请加入的玩家达到一定的经验等级。 玩家通过特遣队并肩参加军事行动，收集尽可能多的战队积分，来提高排名。每个成员只能发起一次进攻，玩家可以通过聊天窗口仔细商讨进攻策略。 当玩家的司令部达到13级时，就可以解锁保存基地阵型的功能了，解锁后玩家会拥有2个阵型保存空位。更多的阵型保存空位将在司令部达到14、16、18、20级时解锁。当想要保存和加载基地阵型时，点击司令部，选择双箭交叉的图标即可。当被树木遮挡了部分位置时，需要先将树木移除，才能继续进行。新建筑首先将会被移动到任一可放置的位置，刷新后再会移动到指定的位置。
