普洱茶发酵，借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体的本身，或者是直接代身产物或次级代谢产物的过程，
在适当的湿度条件下，诱发空气中的菌类或茶体在制造中隐藏的生物菌生长繁殖，透过大量不同生物菌（其中以曲霉菌数量最多），分泌各种不同的酶，而将茶叶内的有机物质（如
氨基酸、纤维素、淀粉、果胶质等）转化成单醣类，再聚合成多醣体，让普洱茶的滋味更加丰富甘醇。
此外，茶叶在进行麴菌发酵的同时，茶叶内
茶多酚的氧化发酵也在同步进行。由于生物菌在新陈代谢的过程中会产生热，而此热能又会加速生物菌的生长。在剧烈的循环中，其产生的热能，足以让茶多酚自动氧化降解。而生物菌中的
黑曲霉菌又会分泌多酚氧化酶，让茶多酚氧化聚合。在此双重作用下，茶叶内的有机物质会全面动员起来跟着变化。其中，茶叶内含低温的臭菁味会随之吐出，而氨基酸、胡萝卜ß素等，茶叶香气的先驱物质，也随之氧化合成，让茶叶逐渐变香。这也是普洱茶越陈越香的原因。