第三季第二期中，郭敬明对于星际迷航的挑战项目，质疑节目规则没有讲清楚造成误解因而打错分数，有自己的观点和立场，但表达完自己的意见之后，也立刻补充说明一分只是一个夸张的说法，用来表达自己对刚刚赛制理解上的落差感，真如果理解规则后重新打分自己会打四分而不是五分。但因为时长关系，这些都没有呈现在节目里。对于钢管丛林，郭敬明认为这一节目不应来到最强大脑，而魏坤琳则表示这是脑力与体力结合的表现。而扎染密语中，魏坤琳因认为挑战过于简单，打出分数使挑战者遭到淘汰，而郭敬明认为不应淘汰，首次开启爆灯，但因张召忠的坚持，选手未能复活。最强大脑节目组的回应是：大家的激论都是基于认真负责的态度去对待比赛，为中国战队挑选最强的选手。
第三季第三期节目中，在光点美人一项目被宣告淘汰后，魏坤琳与郭敬明激烈争论，因为评分标准的不一致，小四和叨叨魏的意见又产生了分歧。小四认为，之前静止的光点挑战项目中叨叨魏给了9分，而这次动态的光点项目却只给了6分。叨叨魏则觉得小四的判断很业余。而之后郭敬明因被魏坤琳喊像女孩儿被激怒，不管魏坤琳如何道歉，最终郭敬明离场。节目播出后，郭敬明在微博表示，因为个子矮小瘦弱，自己从小到大常被喊像女孩儿。但长大后，自己意识到“女孩”“女人”在任何情况下，都不应该成为羞辱对方的词汇，并呼吁大家尊重女性平等。而魏坤琳也再次致歉：“再次向小四道歉，我一时激动在台上说了不恰当的话，我一直都深感懊悔。科学需要敬畏，然而更应该敬畏的是自由争论的权利！。”
“一沙一世界”到底难在哪儿?
陈智强当晚挑战的是“一沙一世界”，该项目被水哥王昱珩誉为“本季最美项目”。陈智强需要在90分钟内记忆88幅沙画图像，然后嘉宾现场划定沙画中5×5厘米，4×4厘米，3×3厘米的面积图像，他最终选择出对应的沙画名称。当晚的比赛中，在陈智强看完88幅沙画，嘉宾选择完毕后，所有沙画限时内全部销毁。关于这个项目的难度，Dr.魏解释说，沙子颜色单一，有效信息远远少于第一季油画碎片，很难提取信息。局座张召忠则提出，光线变化也会影响观察。然而，陈智强在参赛时却提出了难度更高的要求——这个16岁男孩居然主动提议，要根据1×1厘米图像，找出沙画名称。陈智强执意要展示人类极限，最终他成功赢得“脑王”。
