要作废电子税务局结存的纸质发票，一般需要按照以下步骤进行操作：
登录电子税务局。
进入发票管理菜单：在电子税务局界面中，找到与发票管理相关的菜单选项。通常会有一个“发票管理”或类似名称的选项。
查询和选择发票：进入发票管理界面后，选择查询功能，并输入需要作废的纸质发票的相关信息，如发票代码、发票号码等。根据查询结果，选择需要作废的发票。
申请作废：选择需要作废的发票后，点击"作废"或类似功能按钮，填写必要的作废申请信息，如作废原因等。确保填写的信息准确无误。
提交申请：确认作废信息无误后，提交作废申请。系统会生成一张作废申请表，上面会显示作废的发票信息和申请状态。
审核和确认：税务机关会对作废申请进行审核，审批通过后，系统会将作废信息同步至税控设备，使该发票作废。